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2021 Fiscal Year Annual Research Report

NRPS異性化酵素機能を解明する共有結合型分子ツールの開発

Research Project

Project/Area Number 19K05722
Research InstitutionKindai University

Principal Investigator

石川 文洋  近畿大学, 薬学部, 講師 (50631553)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords非リボソームペプチド合成酵素 / 異性化酵素 / キャリアータンパク質 / 共有結合性異性化酵素阻害剤 / タンパク質間相互作用
Outline of Annual Research Achievements

微生物の生産する有用なペプチド系天然物の多くは, 非リボソームペプチド合成酵素 (NRPS) により生合成される. ペプチド系天然物の生合成において異性化酵素が, キャリアータンパク質 (CP) に担持されたL-アミノ酸基質をD-アミノ酸へ異性化することで, ペプチド骨格へD-アミノ酸が導入される. このように異性化酵素は, ペプチド系天然物の多様性創出に重要な役割を担っているにも関わらず, その基質特異性や異性化機構はほとんどわかっていない. また, 異性化酵素-CP相互作用解析の報告例はわずか1例のみである. さらに, 異性化酵素-CP複合体構造の報告例がないため, 異性化酵素によるCP認識機構は明らかになっていない. 一因として, 異性化酵素がCPに担持されたアミノ酸のみを基質にする特異な性質を有することに加えて, 共有結合型異性化酵素阻害剤を欠いていることが挙げられる. すなわち, 共有結合型異性化酵素阻害剤を創製することにより, 触媒残基の捕捉による異性化酵素の触媒機構の解明だけでなく, 異性化酵素がCP相互作用の不可逆的捕捉により, 異性化酵素がCP相互作用の分子基盤が明らかになると考えた . そこで, 本研究では, CP担持型共有結合性異性化酵素阻害剤を設計および創製し, 異性化酵素の触媒機構およびCP認識機構を明らかにすることを目的とする. 本年度は, 異性化酵素の9種類の活性部位変異体作製し, 共有結合性異性化酵素阻害剤をCPへ担持後, クロスリンク反応を行うことで, 異性化酵素の触媒機構の解析を行なった. また研究期間全体の研究成果は, CP担持型共有結合性異性化酵素阻害剤の創製および異性化酵素の触媒機構の解明である. 今後は, クロスリンク反応に供したNRPSのX線結晶構造解析により, 異性化酵素-CP相互作用の分子基盤を明らかにする.

  • Research Products

    (22 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of California, San Diego(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of California, San Diego
  • [Journal Article] Developing crosslinkers specific for epimerization domain to elucidate mechanism2022

    • Author(s)
      Woojoo E. Kim, Fumihiro Ishikawa, Rebecca N. Re, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya, Genzoh Tanabe, Michael D. Burkart
    • Journal Title

      RSC Chem. Biol.

      Volume: 3 Pages: 312-319

    • DOI

      10.1039/d2cb00005a

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chemoproteomics profiling of surfactin-producing nonribosomal peptide synthetases in living bacterial cells2022

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa, Sho Konno, Chiharu Uchida, Takehiro Suzuki, Katsuki Takashima, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya, Genzoh Tanabe
    • Journal Title

      Cell Chem. Biol.

      Volume: 29 Pages: 145-156.e.8

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.05.014.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inhibition of efflux pumps aids small-molecule probe-based fluorescence labeling and imaging in the Gram-negative bacterium Escherichia coli2021

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa, Sho Konno, Katsuki Takashima, Hideaki Kakeya, Genzoh Tanabe
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 19 Pages: 8906-8911

    • DOI

      10.1039/d1ob01112j

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 細胞内での非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリングおよび分解過程の発見2022

    • Author(s)
      石川文洋, 今野翔, 内田千晴, 鈴木健裕, 高島克輝, 堂前直, 掛谷秀昭, 田邉元三
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] 非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリングと応用2021

    • Author(s)
      石川文洋
    • Organizer
      第90回有機化学研究会(白鷺セミナー)
    • Invited
  • [Presentation] Activity-based protein profiling of non-ribosomal peptide synthetases2021

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Invited
  • [Presentation] BROAD SUBSTRATE TOLERANCE OF AN ENGINEERED ARYL ACID ADENYLATION DOMAIN WITH AN ENLARGED SUBSTRATE BINDING SITE2021

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa, Maya Nohara, Natsuki Miyano, Kana Kinoshita, Hinano Kitayama, Katsuki Takashima, Genzoh Tanabe
    • Organizer
      第58回ペプチド討論会
  • [Presentation] キサントン配糖体Mangiferinの全合成研究2021

    • Author(s)
      和田 翔, 高島 克輝, 丸本 真輔, 石川 文洋, 田邉 元三
    • Organizer
      第71回日本薬学会関西支部
  • [Presentation] アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤Neokotalanolの第二世代合成研究2021

    • Author(s)
      高島 克輝, 林 紗也子, 山田 沙也, 石川 文洋, 丸本 真輔, 田邉 元三
    • Organizer
      第71回日本薬学会関西支部
  • [Presentation] 拡張型基質結合部位をもつ人工アデニル化酵素の機能解析-二置換安息香酸誘導体への基質許容性の評価-2021

    • Author(s)
      石川 文洋, 野原 麻耶, 高島 克輝, 田邉 元三
    • Organizer
      第71回日本薬学会関西支部
  • [Presentation] 基質タンパク質ラべル化技術に基づく原核生物タンパク質分解装置 ClpP の動作原理の解明研究2021

    • Author(s)
      大西利奈, 石川文洋, 内田千晴, 正林直人, 高島克輝, 田邉元三
    • Organizer
      第71回日本薬学会関西支部
  • [Presentation] 人工アデニル化酵素を活用したエンテロバクチン誘導体の試験管内生合成研究2021

    • Author(s)
      宮野夏妃, 石川文洋, 木下佳奈, 北山陽菜乃, 高島克輝, 田邉元三
    • Organizer
      第71回日本薬学会関西支部
  • [Presentation] アーユルベーダ天然薬物neokotalanolの第二世代合成研究2021

    • Author(s)
      高島克輝, 林 紗也子, 山田 沙也, 石川文洋, 丸本真輔, 田邉元三
    • Organizer
      第47回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] 4,5-ジデヒドロアポルフィン型アルカロイドの合成およびメラニン形成阻害活性評価2021

    • Author(s)
      寺町美優, 高島克輝, 白戸美希, 丸本真輔, 石川文洋, 森川敏生, 田邉元三
    • Organizer
      第47回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤neokotalanolの全合成2021

    • Author(s)
      高島克輝, 石川文洋, 丸本真輔, 田邉元三
    • Organizer
      第49回複素環化学討論会
  • [Presentation] アポルフィン型およびベンジルイソキノリン型アルカロイドのメラニン形成阻害活性評価2021

    • Author(s)
      寺町美優, 高島克輝, 白戸美希, 丸本真輔, 石川文洋, 森川敏生, 田邉元三
    • Organizer
      第49回複素環化学討論会
  • [Presentation] 細胞内での非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリング2021

    • Author(s)
      石川文洋, 今野翔, 内田千晴, 鈴木健裕, 高島克輝, 堂前直, 掛谷秀昭, 田邉元三
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] キノコ由来子実体形成促進分子coprinoferrinの生合成解明2021

    • Author(s)
      浅井しほり, 中屋祥大, 高西潤, 恒松雄太, 石川文洋, 田邉元三, 礒谷智輝, 早川一郎, 坂倉彰, 渡辺賢二
    • Organizer
      日本生薬学会第67回年会
  • [Presentation] 蛋白質ラベル化に基づくペプチド系天然物生合成のケミカルバイオロジー研究2021

    • Author(s)
      石川文洋
    • Organizer
      第41回有機合成若手セミナー「明日の有機合成を担う人のために」
    • Invited
  • [Remarks] 近畿大学薬学部有機薬化学研究室

    • URL

      https://www.phar.kindai.ac.jp/orgchem/

  • [Remarks] Researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/f_ishikawa

URL: 

Published: 2022-12-28  

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