2021 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子発現制御機構におけるシスエレメント機能の論理解析
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19K05766
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
兒島 孝明 名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (40509080)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井原 邦夫 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | Aspergillus oryzae / 転写因子 / バイオインフォマティクス / 合成生物学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Aspergillus oryzaeにおける転写因子による発言制御機構の解明と、A. oryzaeによる標的有用物質の高効率生産を目的として、以下のアプローチを実施した。
1) 転写因子KojRの転写制御機構の解析 KojRを用いたgSELEX-Seqを再度実施したところ、結合コンセンサス配列としてZn(II)2Cys6型転写因子が結合するモチーフとして知られているCGGトリプレットモチーフが検出された。また、昨年度に引き続き、KojR欠損株を用いたRNA-Seqを実施した。現在、取得データの解析中である。なお、この研究成果は、1件の国内学会で発表され、2022年度中にデータをまとめた上で査読付きのジャーナルに投稿予定である。
2) 転写因子AlcR、AraR、CreA、ManRの結合部位の網羅的同定 炭素源代謝に関連する種々の転写因子のゲノム上での結合部位をgSELEX-Seqによって網羅的に解析した。とりわけ、カーボンカタボライト抑制に関与するCreAでは、先行研究で報告されている(C/G)(C/T)GG(A/G)G配列が結合コンセンサス配列として明瞭に検出され、この転写因子によって制御される候補遺伝子のリストを取得した。なお、この研究成果は、1件の国内学会で発表され、2022年度中にデータをまとめた上で査読付きのジャーナルに投稿予定である。
3) 転写因子AoXlnRにを用いたプロモーター機能の論理解析 昨年度に得られた研究成果をもとに論文を作成・投稿し、プレプリントとしてbioRxivに掲載済みである。なお、この研究成果は、4件の国内学会で発表されたほか、近日中に査読付きのジャーナルに投稿予定である。
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