2019 Fiscal Year Research-status Report
難培養性微生物の覚醒シグナルに応答する遺伝子の解明
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19K05804
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| Research Institution | Yasuda Women's University |
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Principal Investigator |
村上 千穂 安田女子大学, 薬学部, 助教 (50649077)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
青井 議輝 広島大学, 統合生命科学研究科(先), 准教授 (40386636)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 難培養性微生物 / 覚醒シグナル / 亜硝酸酸化細菌 / RNA-seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
難培養性微生物が休眠状態から覚醒する遺伝子発現の変化を RNA-seq によって網羅的に解析して覚醒シグナルに応答する遺伝子を明らかにする。難培養性微生物である亜硝酸酸化細菌を大量培養(5Lスケール)し, RNA-seq解析に必要なRNA量を確保できることを確かめた。その後, 休眠と覚醒現象が大量培養スケールでも再現できることを確認した。休眠状態, 増殖状態, 覚醒(増殖開始)状態の3状態の菌体を準備し, それぞれのRNAを抽出して, RNA-seq解析とバイオインフォマティクス解析を行った。その結果、全遺伝子の4105個の遺伝子発現状態が明らかとなった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2019年度は、RNA-seq解析を行うところまでを計画していたが、解析結果を得られたため計画通りに進捗しているため。
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| Strategy for Future Research Activity |
2020年度は、目的遺伝子の絞り込みと遺伝子レベルでの確認を行う予定である。まず、各状態で発現している遺伝子が異なることを確認して、RNA-seq解析が成功していることを確認する予定である。このうち各状態において、発現量に差のある遺伝子に注目して行う。候補が複数ある場合は複数で進める。また, 機能未知遺伝子に関しても休眠状態と覚醒状態で統計的に有意な差があるものは, BLAST検索により相同性が低くて注目遺伝子が候補に出るものがないか調べる。その後、3状態における目的遺伝子の発現状態をRT-qPCRによって確認する。
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| Causes of Carryover |
学会への参加費・交通費に使用予定であったが、新型コロナの影響のため、
実際には使用できなかったため。
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