2019 Fiscal Year Research-status Report
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19K05806
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
石川 淳 国立感染症研究所, 真菌部, 室長 (40202957)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星野 泰隆 国立感染症研究所, 真菌部, 主任研究官 (40399457)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | プロモーター / 放線菌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、申請者らによってゲノム配列が決定されたストレプトマイシン生産菌であるStreptomyces griseus NBRC 13350株からTSS-seqによって得たデータについて、データクォリティを再度チェックし、bowtie2によりリファレンスゲノム配列上へのマッピングを行った。次に、リード全長に渡ってミスマッチなくマッピングされたリードが5本以上である箇所を転写開始点として特定した後、プロモーター配列が存在すると考えられる転写開始点の上流100-bp程度(プロモーター候補配列)を抽出し、3,220のプロモーター候補配列を得た。
まず、プロモーター候補配列のアラインメントを行ったが、いくつかのグループは出来たものの、有意と思われるグループは見出せなかった。これは、プロモーターに特徴的な配列が存在していたとしても、それらの転写開始点からの出現距離がまちまちであることに起因していると考えられたため、k-mer（6-mer）解析を行い、プロモーター候補配列中に現れる6-merごとに、それらの転写開始点からの出現距離を調べた結果、4,096通りの6-merのうち約70-100個の6-merの出現距離に偏りが見られ、プロモーターに特徴的な配列である可能性が示唆された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナウイルスの感染拡大に備える改正特別措置法及び、これに基づく所属機関の行動計画により、研究業務の優先度の低下や出社制限等により、当初の予定より遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
本報告書執筆時点においても、新型コロナウイルス感染症対策が完全には解除されていないこともあり、今後も研究計画の遅延が予想されるため、研究期間の延長も視野に入れざるを得ないと考えられる。
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| Causes of Carryover |
新型コロナ対応などで研究業務が滞ったため次年度使用額が生じたが、次年度に使用する予定である。
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Research Products
(1 results)
