Applying semantic web technology to information of trait data in plant varieties.

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K06315
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 41040:Agricultural environmental engineering and agricultural information engineering-related
• Research Institution: Kazusa DNA Research Institute (2020-2021); Osaka University (2019)
• Principal Investigator: ICHIHARA HISAKO 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究開発部, 特任研究員 (50362398)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: セマンティックウェブ / 作物 / 育種 / 形質 / 系譜 / RDF

Outline of Final Research Achievements

Lined for breeding and analysis has traditionally been selected based on the experimental knowledge of the breeding specialist. However, it is difficult for even specialists to know all candidate lines, and there is a possibility of bias in selecting them.
This study applied semantic technology to the "relationship between parent and offspring of lines" and "trait information that each line presents" of the genetic material accumulated so far. Finally, it was possible to extract information on candidate lines.

Free Research Field

農業情報

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、構築される階層的な系譜情報に基づいて網羅的な系統情報を抽出できる。これを辿ると複数世代前の系統や遠縁にあたる系統の形質情報を一斉に抽出でき、ある系統の着目形質について系譜の中で表現型として現れない世代があったとしても、由来する祖先系統の全ての候補を提示することが可能である。こうした情報の網羅性は人間が不得意とするところであり、適切な育種親や解析系統の選定上、重要な手掛かりとなる。一部の作物では、品種名や育成者の情報がセマンティックウェブに対応した形式で公開されており、本研究の情報との連結によって、作物流通における生産者・消費者のデータ収集を通じて、経済活動への波及効果が期待できる。