新興する鶏病原性大腸菌の流行調査とゲノム情報を利用した特徴解析

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K06423
• Research Institution: University of Miyazaki
• Principal Investigator: 井口 純 宮崎大学, 農学部, 准教授 (00437948)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 大腸菌 / 鶏大腸菌症 / ゲノム解析

Outline of Annual Research Achievements

鶏大腸菌症は、ブロイラー（肉用鶏）で頻発する細菌感染症である。日本における鶏大腸菌症による経済的損失は大きく、農畜産分野において改善すべき課題の一つに挙げられる。本研究では、流行型の特徴を明らかにすることを目的とし、宮崎県内の養鶏場で皮下蜂窩織炎（皮下型）または敗血症・漿膜炎（内臓型）を発症した（または養鶏場で発症が確認された）ブロイラー約670羽の病変部から大腸菌を1羽から1株（計670株）を分離し、それらの血清型の遺伝子型（Og:Hg）をPCR法により判定した。皮下型株のOg:Hgは上位からOg6:Hg16（7.9%）、Og36:Hg21（7.9%）、Og71:Hg4（5.9%）となり、計78種類が確認された。また内臓型では上位からOg25:Hg4（10%）、Og161:Hg4（6.3%）、Og6:Hg16（6%）となり、こちらも計78種類が確認された。これまでの報告で、鶏病原性大腸菌（avian pathogenic Escherichia coli：APEC）の主要型とされてきたO1/O2/O78は、皮下型で1/9/40株、内臓型株で0/6/2株となった。一方、健康な鶏（200羽）の消化管内容物から大腸菌（計188株）を分離し、それらの血清型を判定したところ、Og18:Hg49、Og81:Hg19（それぞれ3.7%）、Og69:Hg38、Og83:Hg42（それぞれ3.2%）など計88種類のOg:Hg型が確認された。病変部由来株（病原株）と健康鶏消化管由来株（常在株）では35種類の共通Og:Hg型が確認された。当初の研究計画では、代表株40株のゲノム解析を実施する予定であったが、2019-2020年度先進ゲノム支援のサポートを受けることができ、代表株約500株のゲノム配列の決定を実施した。詳細については現在解析中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定していた採材、分離、血清型の遺伝子型判定、ゲノム配列の決定を概ね完了することができた。2019-2020年度先進ゲノム支援のサポートを受けたことにより代表株約500株のゲノム配列決定が実施できた点は、計画以上の進展と言える。

Strategy for Future Research Activity

病変部由来株（病原株）と健康鶏消化管由来株（常在株）のゲノム情報を比較し、それぞれの共通性と特異性（特異的な遺伝子）を明らかにする。

Causes of Carryover

予定していた学会発表などの出張が実施できかなかった。また、論文投稿を次年度以降に持ち越した。以上の理由により、次年度使用額が生じた。