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2019 Fiscal Year Research-status Report

Structural analysis of membrane-bound proteins using synchrotron-radiation circular-dichroism and linear-dichroism spectroscopy

Research Project

Project/Area Number 19K06587
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

松尾 光一  広島大学, 放射光科学研究センター, 准教授 (40403620)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords放射光円二色性 / 真空紫外線 / 生体膜相互作用 / 分子動力学 / 二次構造 / 天然変性蛋白質
Outline of Annual Research Achievements

真空紫外円二色性(VUVCD)法による蛋白質の二次構造解析法(含量・本数・配列)を、生体膜存在下のα1酸性糖蛋白質(AGP)とミエリン塩基性タンパク質(MBP)の構造研究に適用し、各蛋白質の膜結合構造及び膜結合部位を明確にした。
AGPは、細胞膜内への薬物輸送に関わる蛋白質とされており、本研究では、5種類のリン脂質分子で作成された直径100nmのリポソーム膜と相互作用したAGPの構造をVUVCDにより解析した。その結果、リン脂質分子の正味電荷が負であるリポソームと相互作用したAGPは、7本のαヘリックス構造を形成し、N端とC端のヘリックス領域が膜結合部位であることが示唆された。塩添加実験から、N端のヘリックスが崩壊したため、C端のヘリックスは両親媒性ヘリックスであり、疎水性相互作用と静電的相互作用で膜と結合し、N端のヘリックスは静電的相互作用のみで膜と結合していることがわかった。
MBPは、ミエリン鞘という生体膜と結合する膜結合タンパク質であり、その膜結合構造が、ミエリン鞘の形成に大きな役割を担う。本研究では、生体膜存在下でのMBPの構造を明らかにし、MBPによるミエリン膜の安定化メカニズムについて考察した。生体膜は、ホスファチジルイノシトールのリン脂質分子から作成したリポソームを用いた。リポソーム存在下のMBPの二次構造含量をVUVCD法により解析し結果、MBPはヘリックス構造(含量:40%、本数:8本)を形成することが分かった。VUVCD-NNや分子動力学的解析により、各へリックス領域の膜との親和性を解析した結果、MBPには、両親媒性ヘリックス(疎水性相互作用と静電的相互作用が関与)と非両親媒性ヘリックス(静電的相互作用が関与)がそれぞれ3本存在することが分かり、MBPの6つのヘリックス領域が生体膜と強く結合し、ミエリン膜の構造安定化に寄与することが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

以下の利用により、当初の計画以上に進展していると評価した。
①本年度は、α1酸性糖蛋白質(AGP)とミエリン塩基性タンパク質(MBP)を対象にし、VUVCD分光法による膜結合蛋白質の構造解析を行った。そのため、目的とした2種類の蛋白質の二次構造含量・本数・配列に関する研究はすでに終了し、論文に採択、また投稿中である。このため現在、他の膜結合蛋白質に対してもVUVCDによる構造解析を実施しているため。
②直線二色性による膜結合蛋白質の二次構造の配向解析では、予備的に実験として実験光源を用いた測定をすでにペプチドに対しい実施しており、膜表面に対するペプチド二次構造の配向の検出に成功しているため。また、このペプチドの膜結合構造形成中の準膜結合構造の解析も進んでいるため。

Strategy for Future Research Activity

次年度以降の研究方針を以下に示す。
1.放射光円二色性装置に、直線二色性が測定できる装置を構築し、真空紫外領域の直線二色性の計測を可能にする。短波長領域の測定により、高エネルギー遷移に基づいた膜蛋白質の配向構造解析法を構築し、MBPとAGPの構造解析に応用する。また、他の膜結合蛋白質や膜内で多量体を形成するペプチドの配向構造の解析も実施し、直線二色性法の有効性を高める。
2.VUVCD-NN法は、水溶性蛋白質のアミノ酸配列と二次構造情報をデータベースに使用している。膜蛋白質のアミノ酸配列と二次構情報をこのデータベースに組み込むことで、膜蛋白質に特化した二次構造解析法を構築し、AGPとMBPの膜結合構造をさらに精密化させる。

Causes of Carryover

昨年度予定していた国内学会が中止となったため、また論文の投稿が遅れたたため、差額が生じた。令和2年度補助金と合わせて、国内外の学会旅費、論文投稿費、消耗品(光学結晶、生体試料など)に利用する予定である。

  • Research Products

    (27 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Alexandria University(エジプト)

    • Country Name
      EGYPT
    • Counterpart Institution
      Alexandria University
  • [Int'l Joint Research] Synchroron SOLEIL(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Synchroron SOLEIL
  • [Journal Article] Characterization of the mechanism of interaction between alpha1-acid glycoprotein and lipid membranes by vacuum-ultraviolet circular-dichroism spectroscopy2020

    • Author(s)
      K. Matsuo, M. Kumashiro, K. Gekko
    • Journal Title

      Chirality

      Volume: 32 Pages: 594-604

    • DOI

      https://doi.org/10.1002/chir.23208

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Vacuum Ultraviolet Electronic Circular Dichroism Study of d-Glucose in Aqueous Solution2020

    • Author(s)
      Matsuo Koichi、Gekko Kunihiko
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 124 Pages: 642~651

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acs.jpca.9b09210

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Study on irradiation effect of mid-infrared free electron laser on hen egg-white lysozyme by using terahertz-time domain spectroscopy and synchrotron radiation vacuum-ultraviolet circular-dichroism spectroscopy2019

    • Author(s)
      T. Kawasaki, Y. Izumi, G. Ohori, H. Kitahara, T. Furuya, K. Yamamoto, K. Matsuo, M. Tani, K. Tsukiyama
    • Journal Title

      Journal of Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves

      Volume: 40 Pages: 998-1009

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s10762-019-00626-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Regulation of plant ER oxidoreductin 1 (ERO1) activity for efficient oxidative protein folding2019

    • Author(s)
      Matsusaki Motonori、Okuda Aya、Matsuo Koichi、Gekko Kunihiko、Masuda Taro、Naruo Yurika、Hirose Akiho、Kono Keiichi、Tsuchi Yuichiro、Urade Reiko
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Pages: 18820~18835

    • DOI

      doi: 10.1074/jbc.RA119.010917

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Circular-Dichroism and Synchrotron-Radiation Circular-Dichroism Spectroscopy as Tools to Monitor Protein Structure in a Lipid Environment2019

    • Author(s)
      Matsuo Koichi、Gekko Kunihiko
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2003 Pages: 253~279

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9512-7_12

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Characterizations of Biomolecule Structures in Aqueous Solution Using Synchrotron-Radiation Circular-Dichroism Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Koichi Matsuo
    • Organizer
      Materials Science workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synchrotron-Radiation Circular-Dichroism Spectroscopy for Monitoring Biomolecule Structures in Various Environments2019

    • Author(s)
      Koichi Matsuo
    • Organizer
      MIRAI: Moving together towards a sustainable future
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synchrotron-radiation circular-dichroism spectroscopy as a tool to monitor protein structure in a lipid environment2019

    • Author(s)
      Koichi Matsuo
    • Organizer
      International Young Researchers Workshop on Synchrotron Radiation Science 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Effects of Mono-Saccharides on Structural Stabilization of Apo-Myoglobin Studied by Synchrotron-Radiation Circular-Dichroism Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Takeru Shimizu, Yudai Izumi, Koichi Matsuo
    • Organizer
      Japanese-Korean Students Workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction Mechanism between a1-Acid Glycoprotein and Membrane Characterized by Synchrotron-Radiation Circular-Dichroism Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Koichi Matsuo, Kunihiko Gekko
    • Organizer
      International Conference on Chiroptiocal Spectroscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Secondary structure analysis of histone H2A-H2B proteins extracted from heated cells using circular dichroism spectroscopy2019

    • Author(s)
      Y. Izumi and K. Matsuo
    • Organizer
      rd QST International Symposium "Quantum Life Science"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 放射光円二色性による糖類の構造ダイナミクスと水和に関する研究2019

    • Author(s)
      松尾光一
    • Organizer
      第25回HiSOR研究会 小型放射光リングによる多彩な量子ビームの発生と応用
    • Invited
  • [Presentation] Characterization of Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system targeting DNA gyrase2019

    • Author(s)
      Fuminori Kato, Koichi Matsuo, Masayori Inouye
    • Organizer
      広島大学歯学総会
  • [Presentation] 放射光真空紫外円二色性を用いた毛髪蛋白質の構造変化の検討2019

    • Author(s)
      安富 諒, 古田 桃子, 小林 翔, 鈴田 和之,泉雄大, 松尾光一, 伊藤 廉
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 立体構造から読み解くタイプ3銅タンパク質の機能分化について2019

    • Author(s)
      増田太郎、馬場清喜 、松尾光一、三上文三
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Structural Characterization of β2 Microglobulin Core Fragments in Amyloid Fibrils using Circular Dichroism Theory and Molecular Dynamics2019

    • Author(s)
      Koichi Matsuo, Hirotsugu Hiramatsu, Robert W. Woody
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Presentation] Schwarzschild型対物レンズを用いた真空紫外円二色性測定試料容量の低減2019

    • Author(s)
      泉雄大, 松尾光一
    • Organizer
      Symposium on Molecular Chirality 2019
  • [Presentation] 真空紫外円二色性分光によるミエリン塩基性タンパク質のホスファチジルイノシトール生体膜相互作用研究2019

    • Author(s)
      熊代宗弘、泉雄大、松尾光一
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 放射光真空紫外円二色性によるマガイニン2の生体膜相互作用に関する研究2019

    • Author(s)
      末永翔磨、熊代宗弘、松尾光一
    • Organizer
      第33回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 放射光円二色性法を用いた単糖類の分子特性とアポミオグロビンの構造安定化についての研究2019

    • Author(s)
      清水健、熊代宗弘、Frank Wien、泉雄大、松尾光一
    • Organizer
      第33回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 放射光円二色性分光によるK4/K9メチル化ヒストンH3の構造解析2019

    • Author(s)
      泉雄大, 松尾光一
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] 放射光円二色性分光によるK4メチル化ヒストンH3の構造解析2019

    • Author(s)
      泉雄大, 松尾光一
    • Organizer
      第33回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] VUV-CDで見えてきたリン酸化によるXRCC4会合体の構造変化解析2019

    • Author(s)
      西久保開、長谷川真保、泉雄大、藤井健太郎、松尾光一、松本義久、横谷明徳
    • Organizer
      第33回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 偏極量子ビーム利用による生体キラリティ発現実験の現状(IV)2019

    • Author(s)
      高橋淳一、坂本俊紀、泉雄大、松尾光一、藤本蒋輝、加藤政博、小林憲政
    • Organizer
      第33回日本放射光学会年会 放射光科学合同シンポジウム
  • [Remarks] 生体物質の立体構造研究

    • URL

      http://www.hsrc.hiroshima-u.ac.jp/labo/BL12.htm

URL: 

Published: 2021-01-27  

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