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2019 Fiscal Year Research-status Report

ストレス依存的な細胞内外小胞の新規形態様式

Research Project

Project/Area Number 19K06596
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

紺野 宏記  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 准教授 (80419267)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords高速原子間力顕微鏡 / 細胞内外小胞 / 酸化ストレス
Outline of Annual Research Achievements

研究代表者らは、抗酸化酵素ペルオキシレドキン(Prx)が負電荷を有するリン脂質およびヌクレオチドと会合して直径30~80 nmの小胞(以後、Prx-MVと記す)を形成することを最近発見した(Haruyama et al., J. Mol. Biol. 2018)。本研究課題では、これまでに全く知られていなかったこの意外な発見を土台に、Prx-MVが最近注目されているエクソソームを含む細胞内外小胞の一形態であることを提案し、その形成メカニズム、細胞内(外)における動態および生理学的機能を明らかにする。そのため、はじめに脂質やヌクレオチドとの相互作用に重要なPrx上のアミノ酸残基の同定を行った。つぎに、細胞内(外)小胞におけるPrxの局在を解明するため、蛍光タンパク質と融合させたPrx, 初期エンドソームマーカータンパク質、後期エンドソームマーカータンパク質をそれぞれ発現する細胞株を樹立し、それらの細胞内におけるPrx, 初期エンドソーム、後期エンドソームの酸化ストレス依存的な局在の関連性を調べた。さらに、脂質、ヌクレオチド依存的に形成されるPrx高分子複合体の構造ダイナミクスを高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)により観察した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

Prxと脂質との相互作用のリアルタイム観察をHS-AFMを用いて行った。基板に平面状に展開した脂質二重層にPrxが結合しないことはすでに明らかにしている。そこで、基板をカーボンコートすることで脂質リポソームが基板上で展開できないようにして、脂質リポソームとPrxの相互作用過程をAFM観察した。その結果、Prxの脂質との相互作用は、脂質リポソームの粒子径に強く依存することがわかった。脂質やヌクレオチドとの相互作用に重要なPrx上のアミノ酸残基の同定については、Prx上のリジン、アルギニンの内の7個に部位特異的アミノ酸置換を導入すると、Prxは脂質と相互作用できないことを明らかにした。さらに解析を進めると、この7個のリジン、アルギニンすべてが、Prxと脂質との結合に関与していることがわかった。次に、Prx上にあるヌクレオチド結合部位を同定するため、UV光照射により近接しているアミノ酸に強固に結合する性質を持つフェニルアジド基を付加したヌクレオチドを使用して、Prxとヌクレオチドを分子間架橋させることに成功した。ヌクレオチドがPrx上のどのアミノ酸と架橋しているかを質量分析法りより調べている(現在、質量分析結果を解析中である)。細胞内(外)小胞におけるPrxの局在解明を解明するため、蛍光タンパク質と融合させたPrx、初期エンドソームマーカータンパク質、後期エンドソームマーカータンパク質を発現する細胞株の樹立を行った。興味深いことに、脂質結合能を欠失させたPrx変異体を導入した細胞株では、酸化ストレス依存的な初期および後期エンドソームの局在変化がPrx野生株のそれと大きく異なることがわかった。この事実は、細胞内におけるPrxと脂質との相互作用が、エンドソームの局在に深く関わっている可能性を示唆している。

Strategy for Future Research Activity

今後は、初期エンドソームや後期エンドソームなどの細胞内小胞に対するPrxの局在だけでなく、細胞外小胞であるエクソソームにおけるPrxの局在も明らかにする。Prxは多種の細胞由来のエクソソームに含まれていることが報告されているが、高速原子間力顕微鏡観察で発見された高分子複合体のように、Prxがエクソソームの表面全体を覆うように局在しているかは明らかではない。今後は、エクソソームを市販の回収キットにより回収し、プロテアーゼ K 処理によりエクソソーム膜上に存在するタンパク質を限定分解させる。プロテアーゼK未処理のエクソソームとの比較をウェスタンブロット法で行い、エクソソームの膜・内部画分におけるPrx量を解析する。これらの解析を初期エンドソームと後期エンドソームにも適用し、Prxが初期エンドソーム、後期エンドソーム、エクソソームの表面に常に存在するのか、それとも特定の段階においてベジクルに取り込まれるのかを明らかにする。さらに、AFM観察中にヌクレオチドを加え、どのような過程を経てPrx、脂質、ヌクレオチドが含まれた高分子複合体が形成されるかを、高速AFMを用いた詳細な表面構造観察により明らかにする。

  • Research Products

    (10 results)

All 2020 2019

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Dynamics of oligomer and amyloid fibril formation by yeast prion Sup35 observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Konno H, Watanabe-Nakayama T, Uchihashi T, Okuda M, Zhu L, Kodera N, Kikuchi Y, Ando T, Taguchi H
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U S A

      Volume: 117 Pages: 7831-7836

    • DOI

      10.1073/pnas.1916452117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rad50 zinc hook functions as a constitutive dimerization module interchangeable with SMC hinge2020

    • Author(s)
      Tatebe H, Lim CT, Konno H, Shiozaki K, Shinohara A, Uchihashi T, Furukohri A
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 370

    • DOI

      10.1038/s41467-019-14025-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polymerization of Oxidized DJ-1 via Noncovalent and Covalent Binding: Significance of Disulfide Bond Formation.2019

    • Author(s)
      Kobayashi M, Muramatsu K, Haruyama T, Uesugi H, Kikuchi A, Konno H, Noguchi N, Saito Y
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 4 Pages: 9603-9614

    • DOI

      10.1021/acsomega.9b00324

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Prx高分子量複合体の形成過程およびその生理的意義の解明.2019

    • Author(s)
      紺野宏記、羽澤勝治、芳坂綾子、佐々木理乃、矢幡信成、古寺哲幸、安藤敏夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第45回討論会
  • [Presentation] ペルオキシレドキシンと脂質またはヌクレオチドによる高分子複合体形成メカニズムの解明2019

    • Author(s)
      佐々木理乃、神代真実、古寺哲幸、安藤敏夫、紺野宏記
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第45回討論会
  • [Presentation] 高速AFMを用いたHECT型ユビキチンリガーゼのユビキチン化に伴う構造動態の観察2019

    • Author(s)
      室郁弥、中山-渡辺隆宏、古寺哲幸、安藤敏夫、紺野宏記
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第45回討論会
  • [Presentation] Visualization of nanomechanical responses of living cell surface captured by high-speed ion conductance microscope2019

    • Author(s)
      S. Kitazawa, L. Sun, A. Housaka, T. Watanabe-Nakayama, H. Konno, S. Watanabe
    • Organizer
      27th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy
  • [Presentation] Investigation of formation mechanism of Prx high molecular weight complexes.2019

    • Author(s)
      M. Jindai, R. Sasaki, N. Kodera, T. Ando, H. Konno
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Observation of the dynamics associated with ubiquitination on Tamavidin 2D crystal using High speed AFM2019

    • Author(s)
      I. Muro, T. Watanabe-Nakayama, N. Kodera, T. Ando, H. Konno
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 走査型イオン伝導顕微鏡による生細胞表面の機械的性質のマッピング2019

    • Author(s)
      北澤怜子,L. Sun,芳坂綾子,中山隆宏,紺野宏記,柴田幹大,渡辺信嗣
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会

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Published: 2021-01-27  

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