Development of a site-specific and comprehensive quantification method for protein phosphorylations based on MS/MS spectral simulation

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K07017
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 47020:Pharmaceutical analytical chemistry and physicochemistry-related
• Research Institution: Meijo University
• Principal Investigator: Imanishi Susumu 名城大学, 薬学部, 准教授 (00757502)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 質量分析 / 定量プロテオミクス / タンパク質リン酸化 / シミュレーション / スペクトルライブラリ

Outline of Final Research Achievements

We have developed a mass spectrometry based phosphopeptide quantification method using a data-independent acquisition method SWATH, in combination with SimPhospho software a simulation program for MS/MS spectra of phosphopeptides. SimPhospho was applied to MS/MS spectra acquired using a TripleTOF mass spectrometer, and adjusting its data format enabled phosphopeptide quantification by SWATH analysis using Skyline software. Furthermore, simulation conditions were optimized for confident and sensitive localization of phosphorylation sites to be quantified.

Free Research Field

プロテオミクス

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

現在、生体タンパク質の網羅的解析（プロテオミクス）を行うことにより一度に数万ものリン酸化が観察でき、それら膨大な報告は、PhosphoSitePlusなどのデータベースに次々と蓄積されている。本研究では、網羅的定量解析におけるリン酸化部位の決定を高精度化したことにより、より信頼度の高いリン酸化の定量的な観察を可能にすると期待できる。リン酸化は細胞内情報伝達の中心を担っており、様々な生体機能の制御に関わっていることから、それらリン酸化の網羅的解析は今後の生命科学および医学・薬学のさらなる発展に貢献すると考えられる。