2021 Fiscal Year Annual Research Report
ヒト正常組織での変異シグネチャー解析実現による個人別発がん要因特定
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19K07745
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
山下 聡 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (80321876)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 変異 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
変異の特徴（シグネチャー）は、発がん要因への暴露状態と関連していることが明らかになっており、発がん要因の同定やがんの予防・治療の研究に重要である。本研究では、非がん組織の突然変異を測定し、各個人の組織における変異シグネチャーを解明する。超低頻度の点突然変異を解析する場合、両ストランドに同一の変異が存在する真の変異のみを検出する必要がある。そのために、申請者が以前に開発した超低頻度の点突然変異頻度解析法（特願2015-199342）の改良として、昨年度までに両ストランドを分離させないで増幅してライブラリを作成し、次世代シーケンサーで解析する新規の方法の開発を進めた。ゲノム上の特定の領域を解析することで低リード数での効率のよい解析を実現した。そのために、制限酵素を利用することにし、濃縮率などからBamHIに決定した。そして2種類の細胞株を混合し、既知のSNPを変異と見なした低頻度突然変異モデルサンプルを作製し、想定した変異頻度が実際に得られるかどうか解析した結果、想定した変異頻度とよく相関した変異頻度を得ることができることが確認でき、適切な測定条件（初期テンプレート量など）、変異解析条件（一つのUMI中の最低リード数など）を決定した。本年度は開発したこの方法（Eco-seq）による変異解析のパイプラインを確立し、健常人末梢血DNAによる変異頻度は年齢と相関すること、寛解後の小児がん患者末梢血DNAの変異頻度は化学治療の程度と相関し、治療に用いた薬剤に起因する変異シグネチャーが認められることを示した。
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