2019 Fiscal Year Research-status Report
Establishment of pathogenicity prediction method and pharmacotherapy effect prediction method of hereditary breast cancer using BRCAness
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19K07766
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
吉田 玲子 (岩崎玲子) 公益財団法人がん研究会, 有明病院 臨床遺伝医療部, 医員 (10421166)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森 誠一 公益財団法人がん研究会, がんプレシジョン医療研究センター 次世代がん研究シーズ育成プロジェクト, プロジェクトリーダー (10334814)
上野 貴之 公益財団法人がん研究会, 有明病院 乳腺外科, 部長 (40452362)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | BRCAness / VUS / 乳がん / HBOC |
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| Outline of Annual Research Achievements |
遺伝性乳がん卵巣がん（HBOC）にはBRCA1/BRCA2以外にもHR関連遺伝子群が多数存在し、それらの遺伝子のバリアントは病的意義不明(VUS)であることが多く、HR関連遺伝子変異保持者に生じた腫瘍が、BRCA1/2変異保持者の腫瘍と類似の表現型を示す“BRCAness”、を呈するのかは不明である。
本研究の目的は、相同組換え修復（HR）関連遺伝子にゲノム異常を認める乳がんの『遺伝型』と、臨床像・ゲノム全体の変化などの乳がんの『表現型』の相関を検討し、HR関連遺伝子のVUSの病原性再評価と、乳がんのPARP阻害剤などの薬物療法の効果予測を行うことを目的としている。
当該年度は、自施設の乳がん新鮮凍結検体175検体の全エクソーム解析によるゲノム情報と、病理・臨床情報を用いて、HR関連遺伝子に異常がある乳がんと、異常がない乳がんの『遺伝型』と『表現型』の相関を、機械学習および遺伝統計を用いて検討を行い、BRCAnessの程度を予測する手法を確立した。この予測手法の精度評価として、TCGAの乳がんのゲノム情報と病理・臨床情報を用いて『遺伝型』と『表現型』の相関を検証し、良好な結果が得られており、汎用性も確認した。
次年度では、このBRCAnessの程度の予測手法（スコア）等を用いて、自施設およびTCGAの乳がんにおける『遺伝型（生殖細胞系列および体細胞系列でVUSと判定されたバリアント）』の病原性の再評価を行い、本研究の目的を達成する予定である。その後学術発表を予定している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
自施設の乳がん新鮮凍結検体175検体の全エクソーム解析によるゲノム情報と、病理・臨床情報を用いて、HR関連遺伝子に異常がある乳がんと、異常がない乳がんの『遺伝型』と『表現型』の相関を、機械学習および遺伝統計を用いて検討を行い、BRCAnessの程度を予測する手法を確立した。この予測手法の精度評価として、TCGAの乳がんのゲノム情報と病理・臨床情報を用いて『遺伝型』と『表現型』の相関を検証し、良好な結果が得られており、汎用性も確認している。次年度では、このBRCAnessの程度の予測手法（スコア）等を用いて、自施設およびTCGAの乳がんにおける『遺伝型（生殖細胞系列および体細胞系列でVUSと判定されたバリアント）』の病原性の再評価を行い、本研究の目的を達成する予定である。その後、学術発表をする予定である
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| Strategy for Future Research Activity |
BRCAnessの程度の予測手法が確立したため、当該研究の目的であるHR関連遺伝子の病的意義不明（VUS）の病原性予測と、乳がんのPARP阻害剤などの薬物療法の効果予測を行い、学術報告をする。その後、HR関連遺伝子の病的意義不明（VUS）に対し、機能解析で確認することを検討している。
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| Causes of Carryover |
当該年度はまだ成果報告として学会報告には至らなかった。次年度にて追加実験解析を施行し、国際学会等報告をする予定である。
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