RNAシーケンスによる大腸鋸歯状腺腫の発癌機構の解明と分子標的治療の基盤確立

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K08367
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 太田 亮介 金沢大学, がん進展制御研究所, 研究協力員 (40767935)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 源 利成 金沢大学, がん進展制御研究所, 教授 (50239323) ; 澤田 武 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 研究員 (60345626) ; 山本 英一郎 札幌医科大学, 医学部, 講師 (60567915) ; 佐々木 泰史 札幌医科大学, 医療人育成センター, 教授 (70322328)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 大腸癌

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、遺伝子発現プロファイルの解析と融合遺伝子の探索により、大腸鋸歯状腺腫（traditional serrated adenoma, TSA）を前癌病変とする発癌経路の確立と、その分子機構の解明を行うことである。
具体的には、TSAの遺伝子発現プロファイルを、従来報告されている予後不良の高悪性度進行癌の発現プロファイルと比較、また鋸歯状病変同士で比較することにより、TSAの発癌経路を確立する。加えて、TSAに特異的な遺伝子発現の変化、融合遺伝子を同定し、新たな発癌機構を解明する。また、遺伝子発現の変化や融合遺伝子の有無と早期病変、進行癌における臨床病理学的特徴との関連を検討する。
研究実施計画では、BRAF遺伝子変異を伴うTSA、KRAS遺伝子変異を伴うTSA、無茎性鋸歯状腺腫（sessile serrated adenoma, SSA）をそれぞれ5病変ずつ、計15病変の集積を目標としていた。その後、採取された検体から核酸（DNA, RNA）を抽出し、そのDNAを用いて変異（KRAS/BRAF）とメチル化（CpG island methylator phenotype, CIMP）によるプロファイリングを、前もって行う予定であった。その後、同15病変と（対照となる）大腸正常粘膜5検体、合計20検体から抽出したRNAを用いて、RNAシーケンス解析を行う予定としていた。
当該年度においては解析に用いる臨床検体の集積を行った。また、同病変から抽出したDNAにおける遺伝子変異のプロファイリングを予定していたが、その予備的な解析を行った。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

BRAF遺伝子変異を伴う大腸鋸歯状腺腫（traditional serrated adenoma. TSA）、KRAS遺伝子変異を伴うTSA、無茎性鋸歯状腺腫（sessile serrated adenoma, SSA）各5病変ずつと、正常粘膜5検体の合計20検体を用いて、RNAシーケンスを行う予定としているが、TSAはまれな病変であり、集積が遅れているため。

Strategy for Future Research Activity

今後、症例の集積をさらに進める。
また、検証に用いる、従来切除され、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）されている約100検体の集積も同時に進める。さらに、検証に用いるFFPE検体からのRNAの抽出と評価が可能かどうか、予備的な実験も行っておく。

Causes of Carryover

検体の集積が遅れたため、解析に用いる物品の購入が少なかったため。また旅費の支出も予想より少なかった。
物品の購入は次年度以降に多く行うこととする。