膵癌EUS-FNA検体を用いた変異シグネチャー解析による個別化モデルの確立

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K08431
• Research Institution: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• Principal Investigator: 須藤 研太郎 千葉県がんセンター(研究所), 消化器内科, 主任医長 (60400884)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 横井 左奈 千葉県がんセンター(研究所), 遺伝子診断部, 部長 (30372452)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 膵癌 / EUS-FNA / 全エクソンシーケンス / 変異シグネチャー / 次世代シーケンサー

Outline of Annual Research Achievements

膵癌の中にはDNA相同組換え修復異常（HRD）を有し、プラチナ製剤やPARP阻害剤の有効なサブグループが存在する。治療前にHRDの存在が確認できれば、患者の治療選択において有用な情報となるが、HRDの原因は多様であり現在実用化している遺伝子パネル検査による検出には限界がある。近年、HRDを有する腫瘍は全ゲノム、全エクソンシーケンスに基づく変異シグネチャー解析により特有の塩基変異パターン（BRCAシグネチャー）を示すことが報告される。本研究では超音波内視鏡下穿刺吸引法（EUS-FNA）によって採取した膵癌組織を用い全エクソンシーケンス、変異シグネチャー解析を行い、プラチナ含有レジメンの治療効果との関連を検討し、個別化モデルを構築する。
2019年度は切除不能膵癌を対象に病理診断のEUS-FNAに際して、ゲノム解析用の凍結膵癌組織の収集を行った。14例のEUS-FNA検体からDNA抽出、ダイレクトシーケンス法によるKRAS変異解析を行ったが、13検体（92.9%）に変異が認められた。これらの検体の中から治療経過中にプラチナ含有レジメン（FOLFIRINOX療法）を行った患者を対象として、全エクソンシーケンス、変異シグネチャー解析を行う予定である。さらに得られた膵癌ゲノム情報と治療効果や予後などの臨床情報を比較し、新規バイオマーカーとしての有用性を評価する。なお、本研究ではプラチナ製剤に対する感受性を培養細胞にて評価することも予定しているため、EUS-FNAにおいて採取量の多い検体について、初代培養も開始している。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

本研究ではFOLFIRINOX療法施行例を対象として全エクソンシーケンスを行うが、現在まで治療例が少ない状態が続いている。これには新型肺炎の流行という社会的な状況の影響も考えられる。また、FOLFIRINOXを行った場合でもゲノム解析用の検体量が少なく解析を行えない場合もある。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、切除不能膵癌を対象としたEUS-FNA検体の収集を行い、FOLFIRINOX施行例に対して全エクソンシーケンス、変異シグネチャー解析を進める。
なお、本研究の目的はプラチナ製剤に対する感受性とゲノム情報の比較を行い、バイオマーカーとしての有用性を検討することにある。今後も対象例が少ない場合にはFOLFIRINOXをベースとしたプラチナレジメン（プラチナ以外の抗癌剤の一部を省略または変更したもの）を行った患者も含めることを検討する。

Causes of Carryover

当該年度（2019年度）は対象となるFOLFIRINOX療法施行例が少なく、1検体あたりの解析単価も上昇するため、全エクソンシーケンスは行わなかった。このため、次年度使用額が生じる結果となった。翌年度（2020年度）と合わせた助成金は2020年度収集した検体とあわせて、全エクソンシーケンスを行う予定である。