Genetic background of thrombophilia using third generation DNA sequencing

2022 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K08875
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 54010:Hematology and medical oncology-related
• Research Institution: National Cardiovascular Center Research Institute
• Principal Investigator: MIYATA Toshiyuki 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 病院, 客員研究員 (90183970)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 根木 玲子 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 病院, 室長 (90600594) ; 辻 明宏 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 病院, 医師 (70598367) ; 関根 章博 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, その他(移行) (30425631) ; 小亀 浩市 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 部長 (40270730)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 静脈血栓塞栓症 / 血栓性素因 / 凝固制御因子 / 特発性血栓症

Outline of Final Research Achievements

Unprovoked venous thromboembolism (VTE) is characterized by thrombosis at a relatively young age, a strong family history, recurrent episodes, and involvement of unusual sites. In this study, we conducted a genetic analysis of unprovoked VTE using next-generation sequencing (NGS) and third-generation sequencing (TGS), utilizing a candidate gene approach including three coagulation regulators and six clotting factors. When the sequences obtained by NGS and TGS were compared with the reference sequence, there were a small number of nucleotides that did not match. Among them, the PROS1 gene analyzed by the TGS method had a relatively large number of unmatched nucleotides, and these were judged to be miscalls.

Free Research Field

血栓止血学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

次世代DNAシークエンス(NGS)法はヒト遺伝子解析に広く使用されているが、構造バリアントなどの大きなバリアントの同定は困難である。本研究では、静脈血栓塞栓症の遺伝子解析に、長いDNA配列を決定できるlong readの第３世代DNAシークエンス(TGS)法を導入した。結果として、NGS では同定できず、TGS法で同定できるバリアントがあった。一方で、偽遺伝子をもつPROS1遺伝子では標準配列に一致しない塩基が見られたことから、さらに検討を加える必要があると考えられた。