2019 Fiscal Year Research-status Report
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19K08893
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
浅野 浩一郎 東海大学, 医学部, 教授 (60192944)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 真菌 / マイクロバイオーム / アレルギー性気管支肺真菌症 / 喘息 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
アレルギー性気管支肺真菌症（ABPM）から得られた気道粘液栓で、粘液栓中に真菌菌糸が確認された試料のうちホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）標本として保管されているものからDNAを抽出し、真菌叢解析を行うための手法を検討した。
ABPM由来の気管支粘液栓FFPE標本は、埼玉県立循環器・呼吸器病センターより提供された30検体、独立行政法人国立病院機構東京病院より提供された35検体を用い、対象群としては喘息患者由来の気道粘液栓で組織中に真菌菌糸を認めない試料52検体を用いた。FFPEからのDNA抽出キットは、市販のキットによるDNA抽出量、ゲノム長、PCR効率などを比較した報告を参考に選んだ。抽出されたDNAを用いて真菌特異的ITS1領域をPCR増幅し、Illumina MiSeqでシーケンスを行った。シーケンスで得られたFASTQファイルを東海大学医学部内で共同研究する今西 規教授らが開発したデータベース、解析ソフトウエアであるGenomeSync、GSTKと、一般に広く用いられているUNITE、QIIME 2を用いて解析した。
十分量のDNAが抽出され、PCR増幅が可能であったのはABPM由来32検体と喘息由来15検体であった。同一検体において属レベルでGenomeSync/GSTKとUNITE/QIIME 2の解析を比較した場合、主要な菌についてそれぞれの検体で大まかな一致が認められた。UNITE/QIIME 2による解析では属レベル以上の解析が出来ない検体があったが、GenomeSync/GSTKによる解析では種レベルの解析が可能であった。今後、10-20種の既知の真菌種から抽出したDNAが同じ濃度ずつ添加された混合物を作成して、データベースと解析ソフトウエアによる違いを比較する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
保管検体を用いることで、多くの試料を速やかに収集可能であった。
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| Strategy for Future Research Activity |
もう一つの課題である真菌特異的揮発性有機化合物の道程と測定系の開発を進めていく。
新型コロナウイルス感染症の流行に伴い、患者から新規検体を収集して行う研究については予定通りの遂行に困難が危惧される。
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| Causes of Carryover |
次世代シークエンサーのコスト削減に成功したため消耗品費を節約できたことと、新型コロナウイルス感染症流行のため予定していた国際学会への参加を取りやめたため、次年度使用額が生じた、2020年度は2019年度の研究を進めるとともに、もう一つの課題である真菌特異的揮発性有機化合物の道程と測定系の開発を進めていく。
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