2020 Fiscal Year Research-status Report
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19K08893
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
浅野 浩一郎 東海大学, 医学部, 教授 (60192944)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | アレルギー性気管支肺真菌症 / 真菌 / マイクロバイオーム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2019年度から実施しているアレルギー性気管支肺真菌症（ABPM）から得られた気道粘液栓における真菌を次世代シークエンサーを用いた遺伝子解析にて同定する研究を継続している。粘液栓中に真菌菌糸が確認された試料のうちホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）標本として保管されているものからDNAを抽出し、真菌叢解析を行った。ABPM由来の気管支粘液栓FFPE標本は、埼玉県立循環器・呼吸器病センターより提供された30検体、独立行政法人国立病院機構東京病院より提供された35検体を用い、対象群としては喘息患者由来の気道粘液栓で組織中に真菌菌糸を認めない試料52検体を用いた。FFPEからのDNA抽出キットは、市販のキットによるDNA抽出量、ゲノム長、PCR効率などを比較した報告を参考に選んだ。抽出されたDNAを用いて真菌特異的ITS1領域をPCR増幅し、Illumina MiSeqでシーケンスを行った。シーケンスで得られたFASTQファイルをUNITE、QIIME 2を用いて解析した。他のサンプルからのコンタミネーションと思われる所見があったため、現在再度DNAを抽出して再解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
他のサンプルからのコンタミネーションと思われる所見があったため、現在再度DNAを抽出して再解析中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
FFPEサンプル以外にも新鮮粘液栓標本を用いた解析を並行して実施する。
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| Causes of Carryover |
ほぼ予定通り研究費を使用しているが、若干の端数金額が繰り越しとなった。次年度に使用予定。
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Research Products
(11 results)
