2021 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
19K08893
|
|---|
| Research Institution | Tokai University |
|---|
Principal Investigator |
浅野 浩一郎 東海大学, 医学部, 教授 (60192944)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| Keywords | アレルギー性気管支肺真菌症 / 真菌 / 次世代シークエンサー解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
アレルギー性気管支肺真菌症（ABPM）の粘液栓からDNAを抽出し、真菌叢解析を行うことで、ABPMの原因真菌を特定することが可能かどうかの検討を行った。
まず定量性を評価するために、10種類の真菌由来標準DNAを含む試料を用いた予備検討を実施した。より定量性に優れた新規手法開発のため10種類のPCR産物を作成した。よりロングリードが可能なMinIONを用いてNGSを行った後に、GSTKソフトウェアとデータベースGenomeSyncを用いてのアノーテーションを行った。さらに微量DNAでも検出可能な２段階PCRについてもプロトコールを最適化した。
臨床的診断確定ABPM症例６例、病理学的診断確定ABPM症例７例、真菌陰性粘液栓症例４例から採取した新鮮粘液栓17個を上記手法で解析した結果、ABPM症例の85％、真菌陰性粘液栓症例25％で真菌リード数の20％以上を占める単一真菌種を特定可能であった。
さらに粘液栓ホルマリン固定パラフィン包埋標本からDNAを抽出して解析を行った。13例中10例（77％）で真菌リード数の20％以上を占めるA. fumigatusあるいは真正担子菌等の真菌種を確認することが可能であった。
上記の検討では真菌培養では陰性であった症例から優位真菌種を検出できた例も複数みとめられた一方、スエヒロタケ（S. commune）が喀痰中では検出されたにも関わらず、今回の検討では検出できなかった症例が２例あることから、解析手法・データベースの改善・整備も必要であると考えられる。現在、さらに症例数を増やしてデータ解析中である。
|
