2019 Fiscal Year Research-status Report
Detection of comprehensive viral infection after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation using a nanopore sequencer
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19K08933
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| Research Institution | Oita University |
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Principal Investigator |
河野 利恵 大分大学, 医学部, 病院特任助教 (20468002)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
緒方 正男 大分大学, 医学部, 講師 (10332892)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | ナノポアシークエンサー / ヒトヘルペスウイルス６B / バクテリオファージ / 同種造血幹細胞移植 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2019年度予定していたナノポアシークエンサーの精度鑑定は,ほぼ予定通り終了している。
まず、本年度予定していた「既知コピー数のラムダファージから回収したDNAを用いてナノポアシークエンサーの感度の検討」を行った。ラムダファージを購入したが、ファージ量が少なく、そのためファージタイターを上昇させる必要があった。ラムダファージを大腸菌に感染させプラークを作製し、その上清からラムダファージを回収した。しかし、思ったようにタイターを上昇させることができなかった。また、大腸菌が混入しないようにファージ液をフィルターに通したが、大腸菌のDNA混入は防げなかった。そのため、ナノポアシークエンサーを用いた解析で大量の大腸菌DNAがみられ、思ったようなラムダファージのリード数がえられなかった。
それを改善するために1000個/mlヒトヘルペスウイルス６B標準株を購入した。それをもちいてナノポアシークエンサーとリアルタイムPCR法でウイルス量を測定した。両者間のウイルスコピー数はほぼ同程度であった。
この実験は、研究室配属の医学部4年生と行ったため、2020年度の内科学会（延長）で担当学生に発表させる予定である（タイトル：ナノポアシークエンサーを用いた網羅的感染症検出システムの開発）。
以上により、ナノポアシークエンサーはウイルスの検出に有効であると判断したため、実際に造血幹細胞移植後患者血漿、全血DNAを使用できるように学内倫理員会に申請承諾を得た。大分大学医学部血液内科では、年間約20症例の同種造血幹細胞移植を施行している。次年度より感染症が疑われる実際の患者血漿、全血DNAを用いてナノポアシークエンサーの有効性を判断していく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ラムダファージの代わりにヒトヘルペスウイルス６B標準株を用いて精度鑑定を行い、おおむね良好な結果が得られた。この結果は、2020年の「内科学会総会 医学生、研修医のための内科学会ことはじめ」で発表する予定であったが、新型コロナのため学会が延期となった。
すでに学内倫理員会の承認も終了しており、次年度から実際に患者全血、血漿DNAを用いてナノポアシークエンサーの評価をする予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
倫理委員会より承認されたため、造血幹細胞移植後患者の全血、血漿DNAを用いてナノポアシークエンサーによるウイルスの検出を行っていく予定である。
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