2020 Fiscal Year Research-status Report
Detection of comprehensive viral infection after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation using a nanopore sequencer
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19K08933
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| Research Institution | Oita University |
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Principal Investigator |
河野 利恵 大分大学, 医学部, 病院特任助教 (20468002)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
緒方 正男 大分大学, 医学部, 講師 (10332892)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | ナノポアシークエンサー / ウイルス感染症 / 造血幹細胞移植 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2019年4月～7月 2019年度研究室配属の学生が既知コピー数のラムダファージ液を用いた「ナノポアシークエンサー精度鑑定」を行った。大腸菌にラムダファージを感染させたため、大腸菌DNAが多数検出され実際のコピー数より一桁少ない数となった。その結果は学内で口頭発表を行った（審査委員長賞を受賞）。
検出感度が1桁低かったのは大量の大腸菌（ラムダファージの宿主）DNAのためだと仮説を立て、2019年 秋、既知コピー数のヒトヘルペスウイルス6B（市販品:ヒトT細胞が宿主）を用いて「ナノポアシークエンサー精度鑑定」を行った。同一サンプルを当科が行っているヒトヘルペスウイルス6B に対する定量PCRを行い、算出されるコピー数の比較検討を行った。結果として、ほぼ同程度の検出感度を確認した。そのため、「造血幹細胞移植後患者血液を用いてたナノポアシークエンサーを用いた網羅的感染症検出（後ろ向き研究）」というタイトルで学内倫理員会の申請を行った。
以上の結果を、2020年8月に「日本内科学会 医学生・研修医の日本内科学会ことはじめ」に「ナノポアシークエンサーを用いた網羅的感染症検出システムの開発」というタイトルで研究室配属の学生が発表（Zoom）を行った。
当科が施行している「ウイルス感染症多項目pcr」と比較検討するため、2020年12月、「造血幹細胞移植後患者血液を用いてたナノポアシークエンサーを用いた網羅的感染症検出（前き研究）」のため学内倫理員会の承認を得た。ウイルス感染が疑われる患者5検体のDNA抽出を行っている。検体の収集は現在進行中であり、その測定は次期研究室配属の学生のメインテーマである。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ナノポアシークエンサーの基礎実験（精度鑑定）はほぼ終了している。倫理員会の申請が滞りなく終了し臨床検体の測定が可能になった。臨床検体の収集システムもほぼ構築でき、実際に測定可能なところに達している。
2020年後半、コロナウイルスの感染拡大による消耗品の品薄、海外製品の納入も滞りがおき、発注しても納品日が未定の事態となった。そのため、2020年度の予算を2021年度に繰り越しを行い新年度になってから発注を行うことにした。研究自体は在庫品を使用したため遅延しなかった。
コロナウイルス検査とオーバーラップする核酸抽出キット、フィルター付きチップ等の品薄状態がこれ以上継続するようなら研究の進捗が危惧される。
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| Strategy for Future Research Activity |
当科が臨床検体を用いて施行している「ウイルス感染に対する多項目pcr」とナノポアシークエンサーによって検出された結果を比較検討することにより、様々なウイルスに対する検出感度を考察していく予定である。
また、コロナウイルス検査のため不足している抽出キットの潤沢な納入が可能ならば、RNAウイルスに対してもアプローチをしていく予定である。
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| Causes of Carryover |
コロナウイルス感染拡大による物流の混乱のため、2020年10月時点ですでに消耗品、海外製品の納期が不明であり2021年に入っても改善が認められなかった。そのため次年度繰り越しが生じた。本年度の未使用額で、ナノポアシークエンスフローセル（ナノポアシークエンサー社）、DNA抽出キット（Qiacube:QIAGEN社）、RNA抽出キットQiacube:QIAGEN社）、フィルーター付きチップ（1000μl、100μl、10μl：ThermoFisher社）を購入する。
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Research Products
(1 results)
