2020 Fiscal Year Research-status Report
Analysis of mycobacterial non-coding RNA promotes the fundamental understanding for newly developing antimycobacterial therapies and strategies.
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19K08938
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital and Institute of Gerontology |
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Principal Investigator |
吉田 敦 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 東京都健康長寿医療センター研究所, 研究員 (40364541)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
菊池 賢 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (60214748)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 迅速発育抗酸菌 / 同定 / 薬剤感受性 / 誘導耐性 / ゲノム解析 / non-coding RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究ではまずM. abscessusを含む迅速発育抗酸菌の臨床分離株を全国から収集し、その薬剤感受性と耐性機序を決定した。マクロライド耐性に関わるerm遺伝子については欠失およびシークエンス型sequevarも決定した。合計で509株を解析し、M. abscessus subsp. abscessus (MAB)においてリファブチンのMICが2以下である割合が、M. abscessus subsp. massiliense (MMA)に比して有意に低いことを見出し、その結果を論文投稿した（審査中）。なお菌株数500株を超える検討は、本邦において最も大規模な研究の一つである。
一方、各菌種・亜種ごとの分離の地理的差異を、下気道由来検体（LRS）、非下気道由来検体（NLRS）に分けて調べた。NLRSではMMAの比率が高く、M. abscessus complex（MAG）の比率が低いこと、北海道・東北地域は他地域に比べてMAGの割合が高い一方、沖縄地域ではMABのシークエンスタイプC28が多いことを示した（Sci Rep 2021;11(1):4960）。
さらにMAG 12株（標準菌株3株、臨床分離株9株）の全ゲノム解析を終了した。ASM160629v1をリファレンスとしたMAB 6株のRead mapping、De novo assemblyの解析では、複数の菌株に共通する欠失が多数認められ、外来性の因子との関連や、薬剤耐性遺伝子との関連を現在検討中である。さらにVariant callingによる解析ではSNP数、MNP数に臨床分離株間で大きな差が認められた。これについては変異のアノテーション情報を確認中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナウイルス感染症のため、研究遂行者が本研究に割ける時間が減り、また研究室においても新型コロナウイルス感染症による業務が増え、本研究に割り当てることができるキャパシティが減ってしまったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
MABのRead mapping、De novo assembly、Variant callingによって得られた所見についてアノテーション情報を確認するとともに、MAGの他の亜種であるMMA、M. abscessus subsp. bolletiiと比較する。
一方で今後、同一の患者から継続して分離され、複数のクラスの薬剤に誘導耐性を獲得した臨床分離株（MAB）や、M. iranicum、M. chelonae、M. fortuitumなどMAG以外の菌種についても、全ゲノムシークエンスを実施し、結果を解析する。
続いてRNAシークエンスならびにゲノムへのマッピングを行い、株間・菌種間の比較解析やnon-coding RNA候補の詳細な解析を実施していく。
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| Causes of Carryover |
今年度の未使用残額は215,609円であった。新型コロナウイルス感染症流行の影響で、研究遂行が予定より遅れ、試薬購入も少なくなり、代金の合計が予算金額に達しなかったことが原因である。未使用の残金は次年度の試薬購入代金に充当する方針である。
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