2021 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of mycobacterial non-coding RNA promotes the fundamental understanding for newly developing antimycobacterial therapies and strategies.
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19K08938
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital and Institute of Gerontology |
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Principal Investigator |
吉田 敦 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 東京都健康長寿医療センター研究所, 研究員 (40364541)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
菊池 賢 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (60214748)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 迅速発育抗酸菌 / 同定 / 薬剤感受性 / 誘導耐性 / ゲノム解析 / non-coding RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、全国から収集した迅速発育抗酸菌の臨床分離株（509株）について、M. abscessus subsp. abscessusにおいてリファブチンのMICが2以下である割合が、M. abscessus subsp. massilienseに比して有意に高いことを見出し、その結果を論文発表した（Sci Rep 2021;11(1):12208）。本検討は、本邦において最も大規模な研究の一つである。
一方、臨床分離株の全ゲノム解析を進め、ASM160629v1をリファレンスとしたM. abscessusのDe novo assembly、Read mappingの解析では、複数の菌株に共通する欠失を認め、外来性の因子との関連を明らかにした。さらにVariant callingによる解析では、臨床分離株間でのSNP数、MNP数の差異の程度を明らかにした。
また同一の患者から継続して分離され、複数のクラスの薬剤に誘導耐性を獲得したM. abscessus 5株について、全ゲノム解析を行い、SNPの変異が時間とともに増加（蓄積）したこと、SNP変異はペニシリン結合蛋白やメチラーゼ、MCE蛋白に該当していたことを明らかにした。このためペニシリン結合蛋白はβラクタム薬のMICの上昇に、メチラーゼはDNAの修飾に関与した可能性を推測した。続いて、5株のRNAシークエンスを行った。しかしながら全RNA、およびnon-coding RNAの発現の両方において、5株間で有意な差は認められなかった。このためクラリスロマイシンの希釈系列を作成し、それらの濃度ごとに菌を培養したところ、培養時間の延長とともに、発現が増加するRNAが存在した。現在そのRNAについてシークエンスを行い、特徴を明らかにしている最中である。
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