2022 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive genetic analysis of Hirschsprung disease by long-read sequence
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19K09066
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Research Institution | Chiba University |
Principal Investigator |
照井 慶太 千葉大学, 大学院医学研究院, 准教授 (70375773)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
関根 章博 千葉大学, 予防医学センター, 教授 (30425631)
竹村 亮 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任講師 (50747516)
齋藤 武 千葉県がんセンター(研究所), がん治療開発グループ がん遺伝創薬研究室, 主任医長 (20406044)
真下 陽一 千葉大学, 大学院医学研究院, 技術専門職員 (90422253)
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Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | 遺伝子解析 |
Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、Hirschsprung病(HSCR)の遺伝子診断による診断率を高め、遺伝子診断の汎用性を向上させることである。そのためには詳細な患者情報を含んだデータベースが必須である。そのため、HSCR児の詳細な診療情報(治療経過・合併する先天異常・HSCRの家族内発生)を含んだデータベースを作成中である。それを元に患者・患者家族とコンタクトをとり、研究に関する説明を行い、研究参加の同意書を得た後、血液検体を採取した。家族内発生が認められた場合は、当該患者に加えて家族の検体も収集した。検体は匿名化され、適切な状態で保管されている。更に、今まで単施設のみで検体採取を行っていたが、やはり単施設のみでは検体数に限界がみられていた。そこで新たに6施設(千葉県こども病院、東京女子医科大学八千代医療センター、君津中央病院、松戸市立総合医療センター、国立成育医療研究センター、東京都立小児総合医療センター)の協力を頂き、多施設共同研究として新たに倫理審査を中央一括で通過させ、現在検体採取を進めている。 検体の採取・保存に関しては、Long-read sequencerでの解析に耐えうる状態で行われることが肝要である。この点を十分に考慮した上で、我々は検体採取・検体保存・DNA抽出・DNA保存の方法を確立した。更に、Smart Blood DNA Midi Kitを用い、DNAの破壊を最小限にするためのプロトコールを確立した。実際に採取したDNA検体の質についてQubidで検討し、全検体において80%以上の十分な品質でDNAが採取できていることを確認済である。 現在、20家系異常を含む80検体のDNAを解析中である。RET等、既存の遺伝子異常の他に注目すべき異常が見つかってきている。
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