2022 Fiscal Year Research-status Report
NASH肝癌発生過程を血液と肝臓プロテオームから解き明かす～ブタからヒトへ～
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19K09144
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| Research Institution | The Tazuke Kofukai |
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Principal Investigator |
井口 公太 公益財団法人田附興風会, 医学研究所 腫瘍研究部, 研究員 (40771118)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
上本 伸二 京都大学, 医学研究科, 教授 (40252449) [Withdrawn]
池川 雅哉 同志社大学, 生命医科学部, 教授 (60381943)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | NAFLD肝癌 / 質量分析イメージング / ショットガンプロテオミクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ブタ正常肝臓とNAFLD肝癌肝臓の連続切片（厚さ10μm）をそれぞれ一枚ずつ準備し、一枚は質量分析イメージング（rapifleX；Bruker社）、もう一枚はLC-MS/MS（timsTOF pro; Bruker社）によるショットガン解析に供した。LC-MS/MSの測定データをProteinScape（Bruker社）にて解析することにより、正常肝臓切片から222個、NAFLD肝癌肝臓切片から194個のPeptideあるいはProtein IDを得た。そのうち、癌特異的PeptideあるいはProteinは74個であった。一方、質量分析イメージングにより得られたMS numberと先のショットガンデータをmergeすることにより、癌部に視覚的にも高発現する10個のProteinを抽出した。
しかし、本手法はMS numberの小数点以下の確からしさに課題があり、実際MS numberの整数部が一致しているPeptide/Proteinが複数ある場合には、いずれが求めるMS imagingの分布を示す正しいPeptide/Proteinなのか、他の手法でvalidationを要する。
今年度、我々は新たにPEAKS Q software（インフォコム社）を使用し、Label-freeの定量解析を追加した。本解析により、先に同定した10個の癌部高発現Peptide/Proteinのうち、以下の7個のvalidationが得られた。①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
コロナ禍により、研究業務へ割く時間的制限、ならびに他学術施設への出張制限があったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、我々はDAVID（The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）を使用し、LC-MS/MSにて得られたデータにfunctional annotationを追加することを行っている。
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| Causes of Carryover |
研究計画遅延のため、今年度の学術発表・原著論文記載を目標とし、研究を継続遂行する。
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Research Products
(1 results)
