2023 Fiscal Year Research-status Report
NASH肝癌発生過程を血液と肝臓プロテオームから解き明かす～ブタからヒトへ～
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19K09144
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| Research Institution | The Tazuke Kofukai |
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Principal Investigator |
井口 公太 公益財団法人田附興風会, 医学研究所 腫瘍研究部, 研究員 (40771118)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
上本 伸二 京都大学, 医学研究科, 教授 (40252449) [Withdrawn]
池川 雅哉 同志社大学, 生命医科学部, 教授 (60381943)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | NAFLD肝癌 / 質量分析イメージング / ショットガンプロテオミクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度、ブタNAFLD肝癌切片におけるイメージング質量分析による空間プロテオミクス、同連続切片からLC-MS/MSを利用し、抽出されたタンパクのannotationを加えた質的プロテオミクスを融合することにより、癌部に高発現するPeptide/Proteinとして以下の7つを同定した。①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。今年度、DAVID（The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）を使用し、LC-MS/MSにて得られたデータにfunctional annotationを追加する試みを行った。癌部が正常肝部に比較して、Significance >= 20, 絶対値Fold Change >= 2を閾値として高発現している遺伝子数は8個、Significance >= 20, 絶対値Fold Change <= 1/2を閾値として低発現している遺伝子数は29個であった。対応遺伝子数が少なすぎるという観点からclustering不十分であり、Significance >= 10, 絶対値Fold Change >= 1.5, or <= 1/1.5に下げたところ、高発現遺伝子は10個、低発現遺伝子は35個であった。それらはそれぞれfunctional annotation clusteringとして、2つと5つのclusterに分類された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
コロナ禍により、研究業務へ割く時間的制限、ならびに他学術施設への出張制限があったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
サンプルが1vs.1であるため統計解析に限界があり、空間オミクス解析の現状では高発現・低発現のタンパク分子が分かっても細胞間シグナル伝達含めた病態への関与にたどりつけない。
マルチオミクス解析のさらなるアプローチとして、MALDI HiPLEX-IHCを利用した、トランスクリプトームの情報と連結したタンパクmappingの応用を検討する。
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| Causes of Carryover |
研究計画遅延のため、今年度の学術発表・原著論文記載を目標とし、研究を継続遂行する。
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