2019 Fiscal Year Research-status Report
Development of novel epigenetic biomarker for identification of tumor buddding in CRC
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19K09216
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| Research Institution | Mie University |
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Principal Investigator |
廣 純一郎 三重大学, 医学系研究科, 助教 (70444437)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
問山 裕二 三重大学, 医学系研究科, 准教授 (00422824)
藤川 裕之 三重大学, 医学部附属病院, 助教 (40616091)
楠 正人 三重大学, 医学系研究科, 寄附講座大学教員 (50192026)
荒木 俊光 三重大学, 医学系研究科, 准教授 (70343217)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | tumor budding grade / microRNA / microRNAパネル / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Tumor Budding(簇出)は癌発育先進部間質に浸潤性に存在する単個または5個未満の構成細胞から成る癌胞巣と定義され、Budding grade 2または3と同義のHigh budding gradeは、結腸癌、直腸癌においてリンパ節転移予測因子、再発高リスク因子、予後不良因子として広く知られ、また2016年以降の大腸癌治療ガイドラインでは治療方針を決定する重要な因子と位置づけられる。一方でBudding gradeは手術標本を用いて評価され、術前の予測は容易ではない。
本研究では次世代シーケンサーを使用して、High Budding gradeの症例に特異的なmicroRNA(以下miRNA)をプロファイリングして作成したmiRNAパネルが、High budding grade症例を高精度に予測できるかを検証する。
2019年度だが、High/Low budding grade症例それぞれ20例の腫瘍部の凍結切片を共同研究先の米国・Baylor Research Instituteに提供し、同施設でRNA抽出をおこないsmall RNA sequence(NGS)を提出した。NGSで得られたデータを同施設所属のbioinformaticianに依頼して解析をおこなった。Low grade症例と比べてHigh budding grade症例で異常発現しているmiRNAだが、adjusted P-value<0.5、Log FC<1の条件下では56個まで絞り込まれ、このうちpublic database(TCGA)で予後と有意に関連するもの(univariate CoxPH<0.05)は25個存在し、この25個をLasso regression analysisで絞り込み施行したところ、Let-7a-3p, Let-7f-1-3p, miR-200c-5p, -23a-5p, -26a-1-3p, -27a-5p, -29b-1-5p, -34a-5p, -148a-5p, -331, ならびにmiR-4286が候補miRNAとして同定された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
合計40症例(High/Low budding grade症例それぞれ20例)の腫瘍部凍結切片から抽出したRNAを用いてNGSを施行し、High budding grade症例に特異的に異常発現しているmiRNAを絞り込み、これらのうちTCGA databaseでも予後と有意に関連するmiRNA11個を候補miRNAとして同定できた。NGSを施行した症例数、解析精度ともに信頼性の高いものと考える。今後多数サンプルを用いてのclinical sample validationを施行するに十分値する結果であると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
前述のごとく同定された、High tumor budding grade症例に特異的に異常発現する11個の候補miRNAに関して、今後多数サンプルを用いてのclinical sample validationを施行する方向である。多数サンプルは腫瘍部の凍結切片を用い、データの信頼性を高めるため、2コホート(第一コホート150例、第二コホート250例)での検証をおこなう。Tumor budding gradeは三重大学病院の病理医師を含め複数名で評価する方向である。
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| Causes of Carryover |
本年度の研究実績で同定した候補miRNAに関して、今後多数サンプルを用いてのclinical sample validationを施行する方向であり、腫瘍部の凍結切片からのRNA抽出のための試薬、real-time qPCR施行のための試薬などの物品費として使用する上で必要な費用である。
また実験遂行の上での実験助手の人件費、研究結果を学会発表するための旅費、論文出版代など、各種必要な費用が生じる見込みである。
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Research Products
(1 results)
