2021 Fiscal Year Annual Research Report
Development of novel epigenetic biomarker for identification of tumor buddding in CRC
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19K09216
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| Research Institution | Mie University |
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Principal Investigator |
廣 純一郎 三重大学, 医学系研究科, リサーチアソシエイト (70444437)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
問山 裕二 三重大学, 医学系研究科, 教授 (00422824)
藤川 裕之 三重大学, 医学系研究科, リサーチアソシエイト (40616091)
楠 正人 三重大学, 医学系研究科, 寄附講座大学教員 (50192026) [Withdrawn]
荒木 俊光 三重大学, 医学系研究科, リサーチアソシエイト (70343217)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | tumor budding grade / microRNA / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では大腸癌腫瘍組織を用いて次世代シーケンス(NGS)にて網羅的解析をおこない、Tumor high Budding gradeの症例に特異的なmicroRNA(以下miRNA)をprofilingして作成したmiRNAパネルの有用性を検証する事を目的とした。
2019年度は、Tumor high/Low budding grade症例で各20例ずつを用いて共同研究先でNGSに提出し得られた生データをbioinformaticianに依頼して解析し、TCGAで予後と有意に関連するmiRNAをフィルタリングすると25個まで候補が狭小化され、Lasso regression analysisで絞り込んだところ、Let-7a-3p, Let-7f-1-3p,miR-200c-5p, -23a-5p, -26a-1-3p, -27a-5p, -29b-1-5p, -34a-5p, -148a-5p, -331, ならびにmiR-4286の11個が候補miRNAとして同定された。
2020年度はtesting cohortとして245例の大腸癌組織から抽出したRNAを用いて、前述の候補miRNAの相対発現値をqRT-PCR法で定量すると、いずれもp<0.05の有意差でAUC:0.59-0.86の値をもって、high budding grade症例で特異的に低発現なmiRNAである事が判明した。
2021年度はvalidation cohortとして136例の大腸癌組織から抽出したRNAを用いて、前年度同様に候補miRNAの相対発現値を定量すると、いずれもp<0.05の有意差でAUC:0.55-0.72の値をもって、high budding grade症例で特異的に低発現なmiRNAであるという再現性のある結果が得られた。本研究結果をもとに論文作成し現在英文誌に投稿中である。
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Research Products
(4 results)
