2022 Fiscal Year Annual Research Report
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19K09402
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| Research Institution | Nara Medical University |
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Principal Investigator |
川井 廉之 奈良県立医科大学, 医学部, 助教 (90445073)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中山 章文 岐阜医療科学大学, 保健科学部, 教授 (70536721)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 敗血症 / 迅速診断 / 16SrRNA / PCR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
敗血症の原因菌の同定には現在の検出方法では迅速性に欠ける。現在の実用化されている検出方法では、細菌の増殖能に依存した培養による前処理が必要であることがある。さらに敗血症症例から得られた血液サンプルから迅速に原因菌を分子生物学的アプローチによって同定できない理由の一つは原因菌のDNA量と比較して、圧倒的多数存在するヒト遺伝子由来のDNAに対する非特異的反応があげられる。本研究の目的は、これらの課題を解決し、敗血症患者からえら得た血液サンプルから迅速に原因菌するために、培養による増菌の過程を経ずに、直接原因菌の遺伝子を増幅する手法の確立を行うことである。
令和2年度までに非特異的反応の抑制と細菌DNAの検出感度を高める実験系の確立を進め、ヒトDNAを背景とした場合の感度への影響を評価した。これを敗血症の代表原因菌であるE.coli, S. aureus, P. aeruginosaのDNAと混合検体について検証を行った。ここまでの実験経過について、プライマーデザイン方法の工夫と細菌DNAの非特異的反応の抑制した実験系における検出限界についての報告を、国内学会において報告した。
令和3年度は、令和2年までに確立した実験条件における成果の論文原稿の作成を行った。また、確立した実験系の検出感度の検証に必要である、本研究用に収集した敗血症人血液サンプルの前処理を行った。このうち、一部のヒトサンプルに対する検証実験を行った。
令和4年度は、ここまでに確立した実験条件をリアルタイムPCRで実行可能とするため、新規のプローブを導入した。同実験系における偽陽性と検出感度についてE.coli, S. aureus, P. aeruginosaのDNAと混合検体について検証を行った。現行のプライマーを用いたin silicoでの検証において、増幅効率の課題が見つかり現在改善を進めている。
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