Molecular background of malignant transformation in IDH mutant astrocytic tumors

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K09535
• Research Institution: Saitama Medical University
• Principal Investigator: 白畑 充章 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (20534944)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 悪性脳腫瘍 / 星細胞腫 / 悪性転化 / ゲノムコピー数異常

Outline of Annual Research Achievements

IDH変異型星細胞腫の悪性転化の分子背景を解明することを目的とした。先行して行われたIDH変異型星細胞腫の大規模なゲノム解析にてCDKN2A/B共欠失が同腫瘍型において従来の壊死など病理学的予後因子よりも強力な予後因子であることが同定されたが、アレイを用いたゲノム解析は各遺伝子座におけるコピー数異常の測定が粗いという弱点があり本研究ではMLPA法を用いて詳細な検討をすることとした。IDH変異型星細胞腫84症例について、凍結標本からDNA抽出を行い、DNAシークエンシングにてIDH変異を確認し、MLPA法にて1p19q共欠失がないことを確認した。先行研究にてMethylation450kアレイでCDKN2A/Bホモ欠失が認められた５症例とホモ欠失のない５症例を対象としてMLPA法にてCDKN2A/Bホモ欠失を評価した。Methylation450kアレイでは欠失がないとされた症例においてもMLPA法では欠失が認められる症例があった。Methylation450kアレイのプローブはCDKN2A/B遺伝子座でがん抑制遺伝子p16を構成するexon2,3,4の評価が不十分であり、症例数を増やして欠失パターンと予後との相関を検討する必要があると思われた。また同一腫瘍内でのゲノムコピー数異常の不均一性を評価するため新規3症例で複数部位での腫瘍検体採取を行った。また初回手術検体のある症例で2例の再発があり新たに再発腫瘍検体を採取した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初MLPA法での解析結果に測定毎にばらつきが目立ち、解析手技に関連する要因以外に非腫瘍部分の混在などが考えられ、安定した結果が確認できるまで、他研究者の助言など参考にプロトコールの準備を行ったため解析の開始がやや遅れた。

Strategy for Future Research Activity

MLAP法でのCDKN2A/B共欠失の評価を症例数を増やして解析を行っていく。さらにRBパスウェイregulatorとしてRB1HD、CDK4,CDK6増幅などのコピー数異常をMLPA法を用いて評価し治療予後との関連について解析を行う。同一腫瘍内における欠失や増幅のパターンとMRIやPET画像との相関、その後の治療経過との関連性について解析し、初回手術検体と再発手術検体におけるゲノムコピー数異常の変化と合わせ、悪性転化部位においてどのようなゲノムコピー数異常を生じているかを明らかにする。

Causes of Carryover

DNA抽出用のキットやMLPA法で用いるプローブなどを購入する予定であったが、実験条件の設定などの準備段階において消費した試薬や物品については、先行して行っていた研究で試薬の残余がありこれを使用することが出来たため節約することができた。今後は多数症例で解析をすすめるため試薬や物品の購入費用にあてる予定。