Molecular background of malignant transformation in IDH mutant astrocytic tumors

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K09535
• Research Institution: Saitama Medical University
• Principal Investigator: 白畑 充章 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (20534944)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 星細胞腫 / IDH遺伝子変異 / 悪性転化

Outline of Annual Research Achievements

IDH遺伝子変異陽性星細胞腫を対象にMLPA法を用いてCDKN2A/B遺伝子のコピー数異常の測定を行った。これまで54例についてデータを取得した。このうち32例では先行研究でマイクロアレイにてCDKN2A/B遺伝子を含む主要遺伝子のコピー数異常に関するデータを取得しており、データを比較するとCDKN2A/B遺伝子にホモ接合性欠失を認めた3例はMLPA法にて同様にホモ接合性欠失が確認された。一方マイクロアレイでヘテロ接合性欠失と判断された症例でMLPA法では異常を認めなかった症例や、マイクロアレイでコピー数異常なしと判断された症例でMLPA法ではヘテロ接合性欠失が確認された症例がみられた。マイクロアレイデータに基づいた先行研究ではCDKN2A/B遺伝子のヘテロ接合性欠失については予後との相関は見出されなかったが、今回の結果ではヘテロ接合性欠失を有する症例で再発が多い傾向があった。CDKN2A/B遺伝子のコピー数異常の評価はマイクロアレイではやや精密性に欠け、MLPA法でより詳細に行い長期的追跡期間で解析を行った場合にヘテロ接合性欠失に予後的意義がある可能性がありさらなる調査が必要である。また今回再発を認めた8症例においてはいずれも初発時にCDKN2A/B遺伝子にコピー数異常を認めなかったが、再発時に病理組織学的に悪性度が上昇し悪性転化と判断された4例ではいずれもCDKN2A/B遺伝子にホモ接合性欠失を認め、一方再発時に病理組織学的にグレードが不変で悪性転化は生じていないと判断された症例ではホモ接合性欠失を認めなかったが、ヘテロ接合性欠失をきたしていた症例があり今後こうした症例での経過を注視している。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当研究室にてこれまで在職していた実験助手の辞職のため新たに実験助手の雇用があり、DNA抽出からMLPA法の実験手技に習熟する必要があったため進捗がやや遅れている。また凍結保存された検体の中で抽出したDNAの品質が解析に適さない症例が幾つかみられたため、別にFFPEからDNAを抽出して解析をやり直している。

Strategy for Future Research Activity

当初予定していた解析数に到達していないため、さらにIDH遺伝子変異の未測定であった過去検体に対象を広げてIDH遺伝子変異を測定しIDH遺伝子変異陽性症例を探索して症例数確保に努める。CDKN2A/B遺伝子のコピー数異常の測定をさらに30例程度追加できる見込みである。また先行研究でCDKN2A/B遺伝子以外に、予後との関連が示唆されたいくつかの遺伝子群のコピー数異常についてMLPA法での解析を追加し、IDH遺伝子変異星細胞腫の予後予測に有用な検査システムを提示するとともに、星細胞腫の悪性転化の背景にある分子異常を解明する。

Causes of Carryover

当研究室にてこれまで在職していた実験助手の辞職のため新たに実験助手の雇用があり、DNA抽出からMLPA法の実験手技に習熟する必要があったため全体的に進捗がやや遅延し、CDKN2A/B遺伝子以外の遺伝子コピー数測定に関する実験系の着手は翌年度に延期とした。