2020 Fiscal Year Research-status Report
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19K09623
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| Research Institution | Tottori University |
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Principal Investigator |
石黒 尚子 鳥取大学, 医学部, 助教 (50346350)
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2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 軟部腫瘍 / 融合遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ASPSCR1-TFE3キメラ遺伝子は胞巣状軟部肉腫の原因遺伝子であることが示唆されている。本キメラ遺伝子は転写因子として、下流の標的遺伝子群の腫瘍特異的な発現を引き起こすことで腫瘍発生に寄与すると推測される。しかしながら、そのメカニズムの詳細については不明な点が多い。そこで本研究課題は、ASPSCR1-TFE3の標的遺伝子を網羅的に同定し、これまでに得られているＤＮＡマイクロアレイ解析の結果と組み合わせることで、本キメラ遺伝子が発がんに導く分子メカニズムを包括的に解明することを目指す。
本年度は、昨年度に引き続きChIP-seq法によるASPSCR1-TFE3結合部位のゲノムワイドな検索を行った。方法としては、研究代表者が過去に樹立した胎児腎細胞株のASPSCR1-TFE3安定発現細胞株（FLAGタグ付き）である293/TR-AT細胞を用い、テトラサイクリン添加によりASPSCR1-TFE3/FLAGタンパク質の発現を誘導した後、ＤＮＡとクロスリンクさせてクロマチンを断片化した。そして、抗FLAGタグ抗体を用いた免疫沈降により、ASPSCR1-TFE3と結合するクロマチン断片を回収した。得られたＤＮＡ断片は精製してライブラリーを調製し、次世代シークエンサーによる配列情報の読み取りに充てた。現在はシークエンス解析による配列データの収集を進めており、今後はこのデータをゲノム上へマッピングすることでキメラ遺伝子の結合領域を特定していく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本年度中にChIP-seqならびにシークエンスデータの解析を終わらせ、その結果をもとにASPSCR1-TFE3による転写制御機構の包括的解明を行う予定であった。しかしながら、クロマチン免疫沈降法の至適条件の検討に時間を要したこと、新型コロナウイル対策による学内共同研究設備の使用制限で次世代シークエンサー解析が一時中断したことから、研究の進捗にやや遅れが生じている。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在は研究を推進するため、受託解析に切り替えてシークエンス解析を行っている。今後、次世代シークエンス解析により得られた配列情報をゲノム上へマッピングしてASPSCR1-TFE3の標的遺伝子を網羅的に同定する予定である。その後、ChIP-seqの結果と過去に得られたDNAマイクロアレイのデータを統合的に解析し、ASPSCR1-TFE3によって引き起こされる腫瘍特異的な転写制御機構の全容を解明していく。さらに、標的遺伝子の細胞増殖や細胞遊走・浸潤、細胞内シグナル伝達機構への生物学的影響を調べ、腫瘍細胞の動態に重要な標的遺伝子を明らかにすることを計画している。
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| Causes of Carryover |
研究の進捗に遅れが生じ、計画していた実験の一部が実施できなかったため消耗品代や解析費用が抑えられたこと、新型コロナ感染症による学会のオンライン化で旅費が抑えられたことから次年度使用額が生じた。使用計画としては、今後の研究計画で必要とされる消耗品代や次世代シークエンサーの解析費用に充当する予定である。
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