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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the whole structure of type V pilus of a periodontal pathogen by using cryo-EM

Research Project

Project/Area Number 19K10083
Research InstitutionTottori University

Principal Investigator

柴田 敏史  鳥取大学, 医学部, 講師 (30725057)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 庄子 幹郎  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 准教授 (10336175)
松波 秀行  沖縄科学技術大学院大学, 生体分子電子顕微鏡解析ユニット, スタッフサイエンティスト (80444511)
Wolf Matthias  沖縄科学技術大学院大学, 生体分子電子顕微鏡解析ユニット, 教授 (90630947)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
KeywordsV型線毛 / 歯周病 / クライオ電子顕微鏡 / バイオフィルム / Bacteroidota門
Outline of Annual Research Achievements

歯周病は45歳以上の日本人の半数以上が罹患している慢性感染症であり、歯の喪失だけでなく糖尿病や動脈硬化症、心血管疾患、アルツハイマーなどの全身疾患とも関連する重要疾患である。歯周病の起因菌Porphyromonas gingivalis の感染、定着、病原性にはV型線毛が重要である。本研究はクライオ電子顕微鏡解析によって機能的な状態のV 型線毛構造を原子分解能で明らかにし、線毛形成機構や付着機構を解明することを目的とした。
本研究ではP. gingivalis の重合したFim線毛のストークピリンFimA構造を3.6オングストロームの分解能で明らかにした。これにより、FimAピリンはN端アンカーストランドに付随するループがRgpプロテアーゼによって切断されることを引き金に、C端ドナーストランドを腕を伸ばす様に構造から放出し、それが隣のピリンの露出した疎水領域に結合し重合することが示唆された。またV型線毛ピリンはプロテアーゼ切断後もアンカーストランドによって膜に保持されることがN端の架橋実験と免疫電顕により示唆された。加えてP. gingivalis のマイナー線毛Mfa線毛の構造解析も行った。
これらの結果よりV型線毛はプロテアーゼ依存性のストランド交換反応によって根元伸長する構築機構が明らかになった。さらに、線毛上の宿主分子や他の口腔細菌分子との結合領域の正しい位置と構造も明らかになった。これらV型線毛重合機構や線毛結合領域は歯周病治療や予防のための創薬標的として有用であり、同定した構造が創薬の鋳型として活用されることが期待できる。

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 8 results) Presentation (4 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ETH Zurich(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      ETH Zurich
  • [Int'l Joint Research] Academia Sinica(その他の国・地域)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      Academia Sinica
  • [Int'l Joint Research] University of Wisconsin-Milwaukee(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Wisconsin-Milwaukee
  • [Int'l Joint Research] Technical University of Denmark(デンマーク)

    • Country Name
      DENMARK
    • Counterpart Institution
      Technical University of Denmark
  • [Int'l Joint Research] Xi’an Jiaotong-Liverpool University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Xi’an Jiaotong-Liverpool University
  • [Journal Article] Temporal dynamics of charge buildup in cryo-electron microscopy2023

    • Author(s)
      Schreiber Makoto Tokoro、Maigne Alan、Beleggia Marco、Shibata Satoshi、Wolf Matthias
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology: X

      Volume: 7 Pages: 100081~100081

    • DOI

      10.1016/j.yjsbx.2022.100081

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Filamentous structures in the cell envelope are associated with bacteroidetes gliding machinery2023

    • Author(s)
      Shibata Satoshi、Tahara Yuhei O.、Katayama Eisaku、Kawamoto Akihiro、Kato Takayuki、Zhu Yongtao、Nakane Daisuke、Namba Keiichi、Miyata Makoto、McBride Mark J.、Nakayama Koji
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04472-3

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Live Cell Imaging of Gliding Motility of Flavobacterium johnsoniae Under High-Resolution Microscopy2023

    • Author(s)
      Nakane Daisuke、Shibata Satoshi
    • Journal Title

      Bacterial and Archaeal Motility ( Methods in Molecular Biology)

      Volume: - Pages: 277~286

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3060-0_22

    • Open Access
  • [Journal Article] Isolation and Visualization of Gliding Motility Machinery in Bacteroidota2023

    • Author(s)
      Shibata Satoshi、Nakane Daisuke
    • Journal Title

      Bacterial and Archaeal Motility ( Methods in Molecular Biology)

      Volume: - Pages: 267~276

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3060-0_21

    • Open Access
  • [Journal Article] Type V Pilus is Assembled by a Protease-mediated Strand-exchange Mechanism2022

    • Author(s)
      SHIBATA Satoshi
    • Journal Title

      Seibutsu Butsuri

      Volume: 62 Pages: 32~35

    • DOI

      10.2142/biophys.62.32

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] SARS-CoV-2 IgG seroprevalence in the Okinawa Main Island and remote islands in Okinawa, Japan, 2020-20212022

    • Author(s)
      Mizumoto Kenji et al.,
    • Journal Title

      MedRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2022.03.02.22271759

    • Open Access
  • [Journal Article] A Multi-Rail Structure in the Cell Envelope for the Bacteroidetes Gliding Machinery2022

    • Author(s)
      Shibata Satoshi、Tahara Yuhei O.、Katayama Eisaku、Kawamoto Akihiro、Kato Takayuki、Zhu Yongtao、Nakane Daisuke、Namba Keiichi、Miyata Makoto、McBride Mark J.、Nakayama Koji
    • Journal Title

      Research Square

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-1802191/v1

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Investigation of Bacteria from Spoiled Bottled Salad Dressing Leading to Gas Explosion2022

    • Author(s)
      Obata Fumiko、Murota Hiromi、Shibata Satoshi、Ozuru Ryo、Fujii Jun
    • Journal Title

      Yonago Acta Medica

      Volume: 65 Pages: 207~214

    • DOI

      10.33160/yam.2022.08.005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Study of protein secretion mechanisms in Porphyromonas gingivalis2023

    • Author(s)
      庄子幹郎, 佐々木祐子, 末吉峻幸, 柴田敏史, 松尾長大, 雪竹英治, Matthias Wolf, 内藤 真理子
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
  • [Presentation] Cryo-EM structure of the Mfa minor type V pilus from the oral pathogen Porphyromonas gingivalis2023

    • Author(s)
      柴田敏史, 庄子幹郎, 松波秀行, Matthias Wolf, 藤井潤
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
  • [Presentation] 歯周病菌Mfa53線毛の構造2023

    • Author(s)
      小島嶺, 庄子幹郎, 柴田敏史, 竹川宜宏, 今田勝巳
    • Organizer
      第26回べん毛研究交流会
  • [Presentation] 細菌表面のフィラメント状超分子複合体の構造解析2022

    • Author(s)
      柴田敏史
    • Organizer
      第 16 回細菌学若手コロッセウム
  • [Book] クライオ電子顕微鏡ハンドブック2023

    • Author(s)
      柴田敏史 (分担)、難波 啓一、加藤 貴之、牧野 文信(編集)、
    • Total Pages
      460
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-804-3

URL: 

Published: 2023-12-25  

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