侵襲性肺炎球菌感染症のゲノムワイドな比較解析に基づく流行動態と病原性に関する研究

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K10594
• Research Institution: Kobe Institute of Health
• Principal Investigator: 野本 竜平 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (60642238)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 河原 隆二 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (10332454) ; 中西 典子 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (50615490)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 侵襲性肺炎球菌感染症 / 多株比較解析 / ゲノム解析

Outline of Annual Research Achievements

侵襲性肺炎球菌感染症（IPD）は、菌血症、髄膜炎など侵襲性を伴い肺炎球菌が無菌部位検体（血液・髄液）から検出される感染症で、抗菌薬が発達した現在においても、しばしば重篤な後遺症を残し、致命的となる場合がある。IPDの原因菌である肺炎球菌は健常人の鼻咽頭にも常在する菌であるが、ヒトに常在している肺炎球菌がIPDを引き起こす際の菌側のリスク因子は何なのか？という点に関しては不明な点が多い。そこで本研究では臨床株や健康保菌株とのゲノム情報を利用しIPD原因菌が保有する新規のリスク因子を特定することを目的とする。本年度は神戸市で新たに分離された血清型12F菌株および、近年神戸市内での検出が増加している血清型24F菌株について全ゲノム系統解析を実施した。血清型24F菌株のSTは大部分がST2572であったが、ゲノム配列は多様性が確認された。一方で、異なる分離年でもクローナルな菌株も確認され、一部、地域に定着している遺伝系統があることが示唆された。今後臨床由来株と健康保菌由来株の多株比較解析を進めていく。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

新型コロナウイルス検査対応のため、昨年度のエフォートの大部分を通常業務に費やすことになり、本研究課題が予定通り進行できなかった。

Strategy for Future Research Activity

現在までの計画の遅れを取り戻すために、下記の項目について集中的に実施する予定である。
積極的疫学調査によって収集された神戸と大阪のIPD原因菌および健康保菌者由来株のMLST解析をNGSを利用して網羅的に実施する。出現した主要な遺伝系統に含
まれる全ての株（100株以上を想定）のドラフトゲノム配列をMiseqにより決定する。ゲノム上の保存領域のSNPによる系統解析を行い、メタデータと遺伝的系統
の偏りについて更に詳細に検証すると共に、研究実績の概要で述べたような潜在的なアウトブレイクとも言うべき現象が起こっていたかどうかについても明らか
にする。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症の影響により業務量が激増し、予定していた計画を遂行できなかったため。翌年度分の助成金と合わせてゲノム解析の費用及び研究打ち合わせや学会
発表などの旅費として使用する