がんの多因子遺伝的なリスクスコアの開発とがん罹患リスク予測モデルの改善

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K10655
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 山地 太樹 国立研究開発法人国立がん研究センター, 社会と健康研究センター, 室長 (10466203)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: GWAS / Polygenic risk score

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、ゲノム網羅的な遺伝情報からがんの多因子遺伝的なリスクスコア（genome-wide polygenic risk score）を開発し、現在の「日本人のためのがんリスクチェックツール < https://epi.ncc.go.jp/riskcheck/>」のアルゴリズムとなっている環境要因だけで構成されたがん罹患リスク予測モデルの改善を図ることを目的としている。ゲノム網羅的な解析をもとに遺伝的リスクスコアの開発を行う際、有意な関連を示す遺伝子多型だけを用いる手法は比較的良く用いられているが、関連が示唆される遺伝子多型まで含めて、より多因子遺伝的なリスクスコアを開発しようとする点が、本研究の学術的特徴である。
2020年度の前半は、2019年度中に整備したジェノタイプデータとジェノタイプインピュテーションデータを用いて、がんのゲノム網羅的な関連解析を行い、【マイルストン３】を達成した。2020年度の後半から【マイルストン４】に着手し、がんのゲノム網羅的な解析で、有意な関連とする基準を段階的に緩め、がんとの関連が示唆される遺伝子多型数を増加させながら、複数の多因子遺伝的なリスクスコアを構築し、それらの性能を評価している。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究計画書に定めたマイルストンを順調に達成しているため。

Strategy for Future Research Activity

2021年度の計画に従って、がんとの関連を有意とする最良の閾値を見つけ、がんの持つ多因子遺伝性を最もよく反映する遺伝的リスクスコアを開発する。

Causes of Carryover

実験消耗品が、予定より安価に購入できたため、次年度使用額が生じた。2021年度に、研究の実施に必要な消耗品の購入で、執行する予定である。

Research Products

• [Journal Article] Population-specific and trans-ancestry genome-wide analyses identify distinct and shared genetic risk loci for coronary artery disease (2020)
  • Author(s): 2.Koyama S, Ito K, Terao C, Akiyama M, Horikoshi M, Momozawa Y, Matsunaga H, Ieki H, Ozaki K, Onouchi Y, Takahashi A, Nomura S, Morita H, Akazawa H, Kim C, Seo JS, Higasa K, Iwasaki M, Yamaji T, et al.
  • Journal Title: Nature Genetics Volume: 52 Pages: 1169～1177
  • DOI: 10.1038/s41588-020-0705-3
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Inclusion of a gene‐environment interaction between alcohol consumption and the aldehyde dehydrogenase 2 genotype in a risk prediction model for upper aerodigestive tract cancer in Japanese men (2020)
  • Author(s): Iwasaki Motoki、Budhathoki Sanjeev、Yamaji Taiki、Tanaka‐Mizuno Sachiko、Kuchiba Aya、Sawada Norie、Goto Atsushi、Shimazu Taichi、Inoue Manami、Tsugane Shoichiro、for the Japan Public Health Center‐based Prospective Study (JPHC Study) Group
  • Journal Title: Cancer Science Volume: 111 Pages: 3835～3844
  • DOI: 10.1111/cas.14573
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases (2020)
  • Author(s): Ishigaki K, Akiyama M, Kanai M, Takahashi A, Kawakami E, Sugishita H, Sakaue S, Matoba N, Low SK, Okada Y, Yamaji T, et al
  • Journal Title: Nature Genetics Volume: 52 Pages: 669～679
  • DOI: 10.1038/s41588-020-0640-3
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Genome-wide association meta-analysis identifies GP2 gene risk variants for pancreatic cancer (2020)
  • Author(s): Lin Y, Nakatochi M, Hosono Y, Ito H, Kamatani Y, Inoko A, Sakamoto H, Kinoshita F, Kobayashi Y, Ishii H, Yamaji T,et al.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 11 Pages: 3175
  • DOI: 10.1038/s41467-020-16711-w
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Transethnic Meta-Analysis of Genome-Wide Association Studies Identifies Three New Loci and Characterizes Population-Specific Differences for Coronary Artery Disease (2020)
  • Author(s): Matsunaga H, Ito K, Akiyama M, Takahashi A, Koyama S, Nomura S, Ieki H, Ozaki K, Onouchi Y, Sakaue S, Suna S, Ogishima S, Yamamoto M, Hozawa A, Satoh M, Sasaki M, Yamaji T, et al.
  • Journal Title: Circulation: Genomic and Precision Medicine Volume: 13 Pages: e002670
  • DOI: 10.1161/CIRCGEN.119.002670
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 1.FTO gene polymorphism, plasma levels of leptin and adiponectin, and the risk of colorectal cancer. (2020)
  • Author(s): Taiki Yamaji, Motoki Iwasaki, Norie Sawada, Taichi Shimazu, Manami Inoue, Shoichiro Tsugane.
  • Organizer: 第79回日本癌学会学術総会
• [Remarks] 国立がん研究センター 予防研究グループ 多目的コホート研究
  • URL: http://epi.ncc.go.jp/jphc/index.html