2019 Fiscal Year Research-status Report
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19K11895
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| Research Institution | Gunma University |
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Principal Investigator |
横山 重俊 群馬大学, 総合情報メディアセンター, 教授 (10600968)
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2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 研究再現性 / データ駆動型研究 / ゲノム解析 / 実験数学 / クラウドコンピューティング / Jupyter Notebook |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、データ駆動型研究実験環境の流通を促進するデータビリティプラットフォームの普及を目指す。具体的には、ICT基盤上に構築された実験環境の再現性をコンテナ技術によるオーバーレイクラウド方式の仮想クラウド技術と実行可能な構築手順書構成技術を組み合わせたデータビリティプラットフォームを導入することで、データ駆動型研究実験環境の流通性を飛躍的に高めることを目指す。さらに複数の実験環境を連携させる仕組みを導入することで、複数分野に跨るデータ駆動型研究の推進やデータ駆動型研究人材の育成に貢献する。2019年度には本研究の基本構成要素であるControl DataとControlled EnvironmentからなるMicro-abilityのプロトタイプを実現する。Control DataとしてはLiterate Computing for Infrastructureの研究成果であるJupyter Notebookによる実行可能構築手順書を用いる。Controlled Environmentとしては各種クラウド上に跨った仮想クラウドを動的に構築できるコンテナ技術を利用したOverlay Cloudアーキテクチャを用いる。2020年度および2021年度前半までには以下の二つの適用分野でのこのMicro-abilityを用いた実証実験を実施する。
【ゲノム解析分野】実験環境の流通実証をゲノム解析ツール Galaxyの利用者コミュニティメンバの協力を得て実施する。
【数学分野】実験環境の流通実証を数式処理ツールSageMathの利用者コミュニティメンバの協力を得て実施する。
2021年度後半には上記二つの環境の連携について両コミュニティのメンバの協力を得て取り組み、分野を跨った実験環境の流通にデータビリティプラットフォームが活用できることを実証する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究は以下の4タスクから構成されている。
(1)本研究の基本構成要素であるControl DataとControlled EnvironmentからなるMicro-abilityを実現する/(2)ゲノム解析分野への適用/(3)数学分野への適用/(4)分野を跨った実験環境の流通にデータビリティプラットフォームが活用できることの実証。
タスク(2)とタスク(3)ではタスク(1)の成果を活用し、さらにその適用によりMicro-abilityへのフィードバックを行いその改善につなげる。タスク(4)はタスク(1)からタスク(3)の成果をさらに適用領域の普及につなげる活動である。
2019年度には、タスク(1)に着手し、プロトタイプを実現することで度教育実践研究の場での試用を行った。2020年度以降のゲノム解析分野と数学分野への適用の妥当性についての見通しが得られた。得られた成果としてMicro-abilityの構築ノウハウと適用実践については情報処理学会、数学教育学会などで発表を行なった。また、この活動を通じて得られた知見を、この研究の要素技術であるLiterate Computing for InfrastructureとVCPの開発グループへフィードバックすることも出来た。
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| Strategy for Future Research Activity |
2020年度には、ゲノム解析分野への適用と数学分野への適用に着手する。このため2020年度は以下の準備を進めている。
(1)各分野内で実際実証実験を行うに最適な適用領域について調査/ (2)その適用領域内でのMicro-ability試用実験/(3)適用分野のコミュニティへのMicro-ability利用に向けたアピール/(4)適用分野で実証実験開始/(5)得られた成果の論文発表
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| Causes of Carryover |
旅費の残高としての差分
5,783円が生じたため，4,500円以下で購入できる物品等がなかったため
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