2022 Fiscal Year Research-status Report
高分節型RNAウイルスにおけるパッケージング・シグナルの同定
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19K12221
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
鈴木 善幸 名古屋市立大学, 大学院理学研究科, 教授 (70353430)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | パッケージング・シグナル / 高分節型RNAウイルス / ロタウイルス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、分子進化学的・生命情報学的手法をもちいて、高分節型RNAウイルスであるオルソミクソウイルス科、レオウイルス科に属するウイルスの各ゲノム分節に存在するパッケージング・シグナルを同定することを目的としている。2022年度には、2021年度に国際塩基配列データベースから抽出した哺乳類ロタウイルス241株、鳥類ロタウイルス12株について、11本のゲノム分節それぞれを用いて系統樹解析を進めた。11本のゲノム分節はそれぞれ構造タンパク質VP1-VP4、VP6、VP7、非構造タンパク質NSP1-NSP4、NSP5/6をコードしているが、VP4をコードする遺伝子分節のみにおいて、哺乳類ロタウイルスであるRVA/Buffalo-wt/ZAF/1442/2007/G10P[11]_MT234354とRVA/Cow-wt/ARG/B383/1998/G15P[11]_FJ347114のクラスターが鳥類ロタウイルスクラスター側へ、鳥類ロタウイルスであるRVA/Pheasant-tc/GER/10V0112H5/2010/G23P[37]_JX204814とRVA/Pheasant-wt/HUN/216/2015/G23P[37]_KU587856のクラスターが哺乳類ロタウイルス側へ入ってしまっており、哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスが分岐したあと、まもなく遺伝子再集合を起こしたと考えられた。VP4はロタウイルス粒子の表面でスパイクを構成しているタンパク質であり、受容体への結合に寄与し、また宿主の免疫の標的なので免疫逃避に寄与している。近年ではワクチン導入後にDS-1バックグラウンドWa株のような、VP4とVP7という表面タンパク質のみの遺伝子再集合も観察されており、ロタウイルスには表面タンパク質のみを遺伝子再集合できるような仕組みがあるのかもしれないと考えられた。哺乳類ロタウイルスを鳥類ロタウイルスの間でのVP4の遺伝子再集合が起こった年代を推定することは興味深い。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2020年度までにインフルエンザC型・D型ウイルスにおけるパッケージング・シグナルの同定を完了し、2021年度よりあらたに始めた哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスにおけるパッケージング・シグナルの解析においては、2022年度に思いがけず遺伝子再集合の痕跡を発見することができた。哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスにおけるパッケージング・シグナルの解析も2023年度には完了できる予定であり、研究はおおむね順調に進展していると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
2023年度には、哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスにおけるパッケージング・シグナルを同定するためのゲノム塩基配列の統計的解析を進める予定である。また、パッケージング・シグナルを同定するためのあらたな統計的方法を開発して、哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスにおけるパッケージング・シグナルを同定する予定である。
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| Causes of Carryover |
【理由】
新型コロナウイルスのパンデミックにより、当初参加予定であった学会がリモートでの開催になったために旅費を使用できず、次年度に使用させて頂くこととした。
【使用計画】
研究成果を国内の学会で発表するための旅費として使用するとともに、研究室に入ってきた学生さんが使用するためのコンピューターなどの物品費として使用する予定である。
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