蛋白質-蛋白質間相互作用面の二次構造に基づいた分類とデータベース公開

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K12224
• Research Institution: Soka University
• Principal Investigator: 藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: タンパク質-タンパク質相互作用 / 相互作用面の分類 / 二次構造

Outline of Annual Research Achievements

当該年度は、まず、第１階層であるインターフェイスクラスの分類条件の微調整を行なった。ランダム抽出した分類結果を確認し、意図しない分類になっていないか確認を行なった。当初は相互作用面の二次構造割合により、クラスを分けるようにしていたが、境界付近の複合体が多く存在し、類似しているにも関わらず異なるクラスに分けられるケースが多く観察された。そこで、割合は使用せず、含んでいるか否かというシンプルな基準のみで分けるようにすることで、境界付近の複合体を減らした。また、分子間βシートを形成しているものについては、新しいクラスとして扱うように修正を行なった。
第２階層である、インターフェイスタイプのクラスタリング結果についても確認作業を行なった。クラスタリングに含める二次構造情報を調整し、確認作業をするという過程を何度か繰り返した。当初は、クラスタリングには、どのクラスの場合も同じ二次構造情報を用いていたが、クラスごとに二次構造情報の調整を行なった。
ここまでは、ホモ二量体についての解析であったが、ヘテロ二量体についてもPDBエントリーのリストを作成し、同じプログラムで解析を行い問題点を調査した。その結果、それほど大きな修正点がないことが明らかとなったので、ヘテロ二量体についてもデータベースに情報を追加した。OLIGAMIホームページにもヘテロ二量体に関しては情報を追加できるように修正を行なった。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

以下3つが主な原因であると考えている。
・第1階層に関する修正作業に想定していたより時間がかかった。
・大学での研究以外の業務が増え、研究時間が減少した。
・コロナ禍で学生の研究時間が短くなった。

Strategy for Future Research Activity

ヘテロ二量体に関する分類情報は得られたので、分類結果の妥当性について確認作業を行う。また第３階層に関する分類について、ホモ及びヘテロ二量体について確認作業を行う。当初、ホモ二量体の情報のみ先行して公開する予定であったが、ヘテロも併せて、公開する方向で準備を進めている。

Causes of Carryover

学術学会などの出張が無く、アルバイトスタッフも確保出来なかったため使用額が減少した。次年度は、2回の学会発表を行うため出張旅費を使用する。また、昨年度からのアルバイトスタッフも他のアルバイトを辞めて、本研究に集中できるということで、当該年度に使用できなかった分も含めて、使用する計画である。