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2021 Fiscal Year Annual Research Report

ヒト型糖鎖生合成酵素と相同性を有する昆虫由来酵素群の構造機能相関解明と応用展開

Research Project

Project/Area Number 19K15748
Research InstitutionShizuoka University

Principal Investigator

宮崎 剛亜  静岡大学, グリーン科学技術研究所, 助教 (30775721)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
KeywordsN結合型糖鎖 / O結合型糖鎖 / 糖転移酵素 / 糖質加水分解酵素 / 糖タンパク質 / X線結晶構造解析 / クライオ電子顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、ヒトの糖タンパク質糖鎖の生合成および分解に関わる糖転移酵素および糖質加水分解酵素と相同性を有するカイコ由来酵素とその他の糖質関連酵素の構造機能解析を行った。
1. ヒト由来糖転移酵素およびカイコ由来オルソログのC末端側ドメインの大腸菌発現を行い、糖結合能を有することを明らかにした。さらに、X線結晶構造解析によって立体構造の決定にも成功した。
2. O結合型糖鎖の分解に関わる糖質加水分解酵素ファミリー31(GH31)に属する腸球菌由来α-N-アセチルガラクトサミニダーゼの基質認識機構や反応機構を、X線結晶構造解析と量子力学的計算によって明らかにした。本成果の論文は、Biochimieに掲載された。この研究を基に、本酵素に新しい酵素番号(EC 3.2.1.217)が付与された。
3. N結合型糖鎖の分解に関わるGH92に属する腸球菌由来α-1,2-マンノシダーゼの加水分解反応における基質のコンフォメーション変化を、量子力学的計算と基質模倣阻害剤との複合体構造解析によって初めて明らかにした。本成果の論文は、Chemistry - A European Journalに掲載された。
4. GH65およびGH31からそれぞれ基質特異性の厳密なα-1,2-グルコシダーゼおよびα-1,3-グルコシダーゼを発見した。両酵素のX線結晶構造解析およびα-1,3-グルコシダーゼのクライオ電子顕微鏡単粒子解析を行い、それぞれ立体構造と基質特異性の相関を明らかにした。いずれの成果も論文としてJ. Biol. Chem.に発表した。

  • Research Products

    (20 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Vienna(オーストリア)

    • Country Name
      AUSTRIA
    • Counterpart Institution
      University of Vienna
  • [Int'l Joint Research] UCT, Prague/Czech Academy of Sciences(チェコ)

    • Country Name
      CZECH
    • Counterpart Institution
      UCT, Prague/Czech Academy of Sciences
  • [Journal Article] Structural and mechanistic insights into the substrate specificity and hydrolysis of GH31 α-N-acetylgalactosaminidase2022

    • Author(s)
      Takatsugu Miyazaki, Marina Ikegaya, Santiago Alonso-Gil
    • Journal Title

      Biochimie

      Volume: 195 Pages: 90-99

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2021.11.007

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unlocking the hydrolytic mechanism of GH92 α‐1,2‐mannosidases: Computation inspires the use of C‐glycosides as Michaelis complex mimics2022

    • Author(s)
      Santiago Alonso‐Gil, Kamil Parkan, Jakub Kaminsky, Radek Pohl, Takatsugu Miyazaki
    • Journal Title

      Chemistry - A European Journal

      Volume: 28 Pages: e202200148

    • DOI

      10.1002/chem.202200148

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis of the strict specificity of a bacterial GH31 α-1,3-glucosidase for nigerooligosaccharides2022

    • Author(s)
      Marina Ikegaya, Toshio Moriya, Naruhiko Adachi, Masato Kawasaki, Enoch Y. Park, Takatsugu Miyazaki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101827

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101827

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of a bacterial α-1,2-glucosidase defines mechanisms of hydrolysis and substrate specificity in GH65 family hydrolases2021

    • Author(s)
      Shuntaro Nakamura, Takanori Nihira, Rikuya Kurata, Hiroyuki Nakai, Kazumi Funane, Enoch Y. Park, Takatsugu Miyazaki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 297 Pages: 101366

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101366

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Enterococcus faecalis由来GH31 α-N-アセチルガラクトサミニダーゼと基質との複合体構造解析2022

    • Author(s)
      宮崎剛亜, 池谷真里奈, Alonso-Gil Santiago
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] GH65 α-1,2-グルコシダーゼとグルコシダーゼ阻害剤の複合体構造解析2022

    • Author(s)
      中村駿太郎, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 糖質加水分解酵素ファミリー31に属するα-1,3-グルコシダーゼの構造と基質特異性の相関の解析2022

    • Author(s)
      池谷真里奈, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 糖質加水分解酵素ファミリー31に属するα-1,3-グルコシダーゼのX線結晶構造およびクライオ電子顕微鏡構造2022

    • Author(s)
      池谷真里奈, 守屋俊夫, 安達成彦, 川崎政人, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      2021年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] Characterization of a glycoside hydrolase family 97 enzyme from Flavobacterium johnsoniae2022

    • Author(s)
      Rikuya Kurata, Shuntaro Nakamura, Enoch Y. Park, Takatsugu Miyazaki
    • Organizer
      The 8th International Symposium toward the Future of Advanced Researches in Shizuoka University (ISFAR-SU2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GH65 α-1,2-グルコシダーゼと1-deoxynojirimycinの複合体構造解析2021

    • Author(s)
      中村駿太郎, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会中部支部名古屋講演会
  • [Presentation] 糖質加水分解酵素ファミリー31に属する細菌および真菌由来 α-1,3-グルコシダーゼの機能解析2021

    • Author(s)
      池谷真里奈, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会中部支部名古屋講演会
  • [Presentation] The GH92 enzymatic mechanism: computation inspires the use of C-glycosides as Michaelis complex mimics2021

    • Author(s)
      Santiago Alonso-Gil, Kamil Parkan, Jakub Kaminsky, Radek Pohl, Takatsugu Miyazaki
    • Organizer
      EMBO Workshop: Advances and Challenges in Biomolecular Simulations
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GH65 α-1,2-グルコシダーゼの多分岐デキストランおよびその部分構造に対する活性2021

    • Author(s)
      中村駿太郎, 中井博之, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会2021年度大会(第70回)
  • [Presentation] GH31に属する新規α-1,3-グルコシダーゼの機能と構造の解析2021

    • Author(s)
      池谷真里奈, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会2021年度大会(第70回)
  • [Presentation] Flavobacterium johnsoniae由来GH97酵素の基質特異性の解析2021

    • Author(s)
      倉田陸矢, 中村駿太郎, 朴龍洙, 宮崎剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会2021年度大会(第70回)
  • [Presentation] 系統解析によって見出した GH31 ファミリーα-1,3-グルコシダーゼの機能解析2021

    • Author(s)
      池谷 真里奈, 宮崎 剛亜
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い 夏のオンラインセミナー2021
  • [Presentation] カイコが有する二種類のスクロース加水分解酵素の構造機能解析2021

    • Author(s)
      宮崎 剛亜
    • Organizer
      日本応用糖質科学会東日本支部シンポジウム
    • Invited
  • [Remarks] 静岡大学農学部生物工学研究室宮崎グループWeb page

    • URL

      https://wwp.shizuoka.ac.jp/glycoenzyme/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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