パンコムギの冠水耐性に働く核・細胞質ゲノム間相互作用の解析

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K15820
• Research Institution: Ryukoku University
• Principal Investigator: 竹中 祥太朗 龍谷大学, 農学部, 講師 (20757736)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 冠水耐性 / オルガネラ / パンコムギ

Outline of Annual Research Achievements

パンコムギ実験標準系統Chinese Spring (以下CS)と既に特定済みのCSと異なる冠水ストレス耐性レベルを示すCSを核親とする細胞質核置換系統雑種(以下NC雑種系統)を対象に，幼苗に冠水ストレスを与えた場合と与えていない場合でそれぞれRNAを抽出し，RNA-seq解析を行った。生物検定法はこれまでの研究で申請者が採用した，イネで開発された試験管を用いた方法で行った(Manangkiet al., 2005, Eupytica 163)。
RNA-seq解析により得られたシーケンスデータはCSのレファレンスゲノム配列情報にマッピングを行い，96%以上の配列がレファレンスゲノム配列にマッピングできていることが確認できた。
また，計画に従い，NBRP・コムギの6倍性コムギコアコレクション系統の一部を取り寄せ，種子の増殖を行った。次年度以降にこれらの系統を対象に冠水ストレス応答性の生物検定を行い，ゲノムワイドアソシエーション解析を実施する予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

CSレファレンスゲノム配列はver.1と改良版のver.2の両方が存在している。ver.2の方が正確性が高く，今後の解析ではver.2の情報の利用が推奨されているもののver.2にはまだアノテーション情報が完備されておらず、レファレンスゲノム配列にマッピングされた配列がどのような遺伝子に由来する配列であるのかという情報が得られず、解析が中断してしまっている。
また、暖冬のため一部の系統で想定よりも早く出穂してしまい、種子の増殖が期待していたよりもうまくいっていない系統が存在している。

Strategy for Future Research Activity

引続き，CSと異なる冠水ストレス耐性レベルを示すNC雑種系統を対象にRNA-seq解析を進めていく。
CSのver.2のレファレンス配列に関する論文が最近に公開され，今後ver.2のレファレンス配列情報のアノテーション情報が公開されると期待される。この情報が公開され次第，現在中断している発現解析を再開する予定である。
また，増殖が不調な系統については人工気象室を利用することを考えている。

Causes of Carryover

コロナの影響による春の学会の中止で，学会参加のための旅費として想定していたものが執行できず翌年度への繰り越しとなってしまった。
繰り越した助成金は翌年度の学会参加等の旅費として使用する計画である。