2020 Fiscal Year Research-status Report
博物館標本の遺伝情報に基づいた絶滅危惧種の保全単位の設定
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19K15856
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| Research Institution | University of Hyogo |
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Principal Investigator |
中濱 直之 兵庫県立大学, 自然・環境科学研究所, 講師 (50807592)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | MIG-seq / 博物館標本 / 標本DNA / 絶滅危惧種 / 昆虫 / 植物 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2020年度はコロナ禍に伴い野外でのサンプリングがあまり進まなかったものの、昨年度に加えイソチビゴミムシ、カブトムシなどのサンプルを収集した。
今年度と昨年度に収集したサンプルのうち、ミヤマシロチョウとイソチビゴミムシについてMIG-seq法による解析を実施した。その結果、ミヤマシロチョウとイソチビゴミムシともに100座を超える一塩基多型 (SNP) が得られた。また、ミヤマシロチョウからは一部の標本から解析が成功し、絶滅した2集団と現存する3集団における遺伝的多様性や遺伝構造を明らかにできた。また、一部の個体でミトコンドリアDNA配列についても明らかにし、MIG-seq法とミトコンドリアDNA両者に基づく保全単位を考察した。またイソチビゴミムシについては、日本海側と太平洋側で遺伝的に大きく異なっているほか、太平洋側ではやや複雑な遺伝構造を形成していることが明らかとなった。
昨年度のMIG-seq法により得られたサギソウについては、花粉や種子の移動に伴う遺伝子流動を推定したほか、兵庫県内における遺伝的撹乱を検出した。これらの結果をまとめた論文が2021年3月国際誌「Biodiversity and Conservation」に受理され、2021年度に出版予定となっている。また、本成果は2020年12月に開催された種生物学会においてポスター発表を実施した。
このほか、「バーチャル研究会生物多様性のDNA情報学」、「オンライン基礎昆虫学会議」などで、博物館標本を用いた遺伝情報の利用について講演を実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
当初の研究計画では、4種について研究を遂行する予定であったが、現時点ですでに3種(サギソウ、ミヤマシロチョウ、イソチビゴミムシ) について、MIG-seq法による解析が完了している。サギソウについては査読付き論文への受理に至った。ミヤマシロチョウとイソチビゴミムシについては、MIG-seq法により得られたデータをもとに遺伝的多様性や遺伝構造などの推定を実施した。このように、研究遂行期間の2年目が完了した時点で、すでに3種で研究完了の目途がつきつつあることから、当初の計画以上に進展していると自己評価した。
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| Strategy for Future Research Activity |
ミヤマシロチョウについては、ミトコンドリアDNA配列決定の継続、遺伝子流動などの解析を進める。イソチビゴミムシについては、系統樹の構築などを進める。両種については、解析が終了し次第、学会発表や論文執筆を実施する。また、2019年度に収集した種のうち、ウンラン、マツナ、ハマアザミなどの種についてMIG-seq法による解析を実施する予定である。カブトムシについては、今年度も引き続いてサンプリングを継続し、最終年度にMIG-seq法による解析の実施を目標とする。なお、今後のコロナ禍によっては、サンプリングよりも解析や論文執筆などを優先するなど、柔軟に対応する予定である。
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| Causes of Carryover |
当該年度はコロナ禍によりフィールドワークを実施することが難しく、旅費を中心として執行が困難であった。また、遺伝解析に用いる試薬や消耗品も品薄状態が続き、当初想定していた購入計画の遂行が困難だった。そのため、所属機関のストックを切り崩しながら遺伝解析を実施することとなった。
2021年度もコロナ禍が当分継続することが予想されることから、こうした旅費や消耗品費の執行が引き続き困難である可能性も考えられる。消耗品については少なくとも遺伝解析の支障が出ないように確保する。さらにコロナ禍により解析が困難となったとしても、対応できるように、状況に応じてパソコンなどの解析環境の整備も検討したい。
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