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2021 Fiscal Year Annual Research Report

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内核酸の構造安定性および相互作用の評価

Research Project

Project/Area Number 19K16054
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山置 佑大  京都大学, エネルギー理工学研究所, 助教 (00778095)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsin-cell NMR法 / 核酸構造 / 三重鎖構造
Outline of Annual Research Achievements

生細胞内は様々な生体分子が混在する分子混在環境であり、このような環境下では核酸分子の構造やダイナミクス、相互作用が試験管内とは異なると考えられる。本研究では、in-cell NMR法を用いてヒト生細胞内に存在する核酸分子のNMRスペクトルを測定することで、細胞内核酸の上記のような性質を明らかにすることを目指す。試験管内においては、二重らせん構造に第三の鎖が配向することで平行型および逆平行型三重鎖構造が形成されることが知られており、疾患との関わりが示唆されている。また、三重鎖構造はアンチジーンドラッグなどの開発においても重要な構造モチーフである。令和三年度は、DNAの平行型および逆平行型三重鎖構造がヒト生細胞内で形成可能であることをin-cell NMR法によって示すことを試みた。試験管内で平行型および逆平行型三重鎖構造を形成することが報告されている各DNAをヒト生細胞内に導入し、in-cell NMRスペクトルを測定した。得られたin-cell NMRスペクトルと試験管内で得られたNMRスペクトルを比較したところ、試験管内でのNMRスペクトルで観測されていた三重鎖構造に由来するすべてのイミノプロトンシグナルが、in-cell NMRスペクトルにおいても観測された。この結果は、実際のヒト生細胞内環境下において各三重鎖構造が形成されていることを示している。これにより、初めてヒト生細胞内において平行型および逆平行型三重鎖構造が形成可能であることの直接的な証拠を示した。

  • Research Products

    (17 results)

All 2021 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Detection of parallel and antiparallel DNA triplex structures in living human cells using in-cell NMR2021

    • Author(s)
      Tomoki Sakamoto, Yudai Yamaoki, Takashi Nagata, Masato Katahira
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 57 Pages: 6364-6367

    • DOI

      10.1039/d1cc01761f

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] In-cell NMR Analyses of the Structure and Dynamics of Hairpin and G-quadruplex Structures in the Living Human Cells2021

    • Author(s)
      Y. Yamaoki, T. Nagata, K. Kondo, T. Sakamoto, S. Takami, M. Katahira
    • Organizer
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Study of the interaction between human origin recognition complex subunit 1 and G-quadruplex forming nucleic acids2021

    • Author(s)
      A. Eladl, Y. Yamaoki, S. Hoshina, H. Horinouchi, K. Kondo, T. Nagata, S. Waga, M. Katahira
    • Organizer
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] First observation of DNA triplex structures in living human cells using in-cell NMR2021

    • Author(s)
      T. Sakamoto, Y. Yamaoki, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of Structure and Dynamics of Oligonucleotides in Intracellular Conditions2021

    • Author(s)
      T. Nagata, Y. Yamaoki, T. Sakamoto, K. Kondo, S. Takami, M. Katahira
    • Organizer
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structures and dynamics of oligonucleotides in living human cells evaluated by in-cell NMR2021

    • Author(s)
      Y. Yamaoki, T. Sakamoto, K. Kondo, S. Takami, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detection of DNA triplex structures in living human cells by in-cell NMR2021

    • Author(s)
      T. Sakamoto, Y. Yamaoki, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Observation of DNA triplex structures in living human cells using in-cell NMR technique2021

    • Author(s)
      T. Sakamoto, Y. Yamaoki, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      2021 Ajou-Kyoto-Zhejiang Joint Symposium on Energy Science
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detection of interaction between functional RNA and its target compound in living human cell using 2D in-cell NMR2021

    • Author(s)
      O. Eladl, Y. Yamaoki, K. Kondo, A. Eladl, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      2021 Ajou-Kyoto-Zhejiang Joint Symposium on Energy Science
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-cell NMR study on the base pair dynamics of nucleic acid in the living human cells2021

    • Author(s)
      Y. Yamaoki, T. Sakamoto, K. Kondo, S. Takami, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [Presentation] Simultaneous monitoring of DNA, RNA, and DNA:RNA hybrid G-quadruplexes, and their interaction with arginine-glycine-rich peptide by NMR2021

    • Author(s)
      C. Nakayama, Y. Yamaoki, K. Kondo, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [Presentation] ヒト生細胞内における平行型及び逆平行DNA三重鎖構造のin-cell NMR法を用いた初観測2021

    • Author(s)
      阪本知樹, 山置佑大, 永田崇, 片平正人
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] NMR法によるDNA-RNAハイブリッドグアニン四重鎖とアルギニンーグリシンリッチペプチドの相互作用解析2021

    • Author(s)
      中山千尋, 山置佑大, 近藤敬子, 永田崇, 片平正人
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] In-cell NMR法によるヒト生細胞内環境下の核酸の構造およびダイナミクスの解析2021

    • Author(s)
      山置佑大
    • Organizer
      第21回 若手NMR研究会
    • Invited
  • [Presentation] The structure and dynamics of DNA and RNA in living human cells studied by in-cell NMR2021

    • Author(s)
      Y. Yamaoki, T. Nagata, T. Sakamoto, S. Takami, M. Katahira
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] First observation of DNA triplex structures in living human cells using in-cell NMR2021

    • Author(s)
      T. Sakamoto, Y. Yamaoki, T. Nagata, M. Katahira
    • Organizer
      FIBER日本核酸化学会若手フォーラム
  • [Remarks] 片平研究室HP

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/bio/

URL: 

Published: 2025-12-26  

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