2020 Fiscal Year Annual Research Report
Development of novel measurement methods for RNA synthesis and degradation using nanopore sequencing
| Project/Area Number |
19K16108
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
関 真秀 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (90749326)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | トランスクリプトーム / ナノポアシークエンス |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
ナノポアシークエンサーによりRNA分子の直接シークエンス（direct RNA-Seq）が可能となった。本研究課題は、ナノポアシークエンサーによるRNAの全長シークエンスと核酸アナログによるラベリング法を組み合わせることにより、RNA代謝計測のための新規手法を開発するものである。昨年度、本研究と同様のコンセプトの論文がプレプリントリポジトリに公開されたことや、核酸アナログの読み取り精度への影響が大きいことから、塩基変換した全長cDNAをシークエンスする方法に切り替えて検討を行った。核酸アナログによるラベル効率は数%程度であるため、現状のナノポアシークエンスの読み取り精度ではラベルされた分子と非ラベルcDNA分子を区別することは困難であった。そこでRCA増幅を行ったcDNAをシークエンスしてコンセンサスを取ることで読み取り精度を向上させるR2C2法を組み合わせることで、ラベル・非ラベルの分子の識別に成功し、RNA代謝測定法を確立した。肺がんにおいて、cDNA－Seqにより、癌特異的なRNAの同定を行い、投稿論文として発表した(Oka et al. 2021) 。収集したがん特異的な異常RNAの合成と分解制御機構を明らかにするため、開発したRNA代謝測定法をがん細胞株に適用し、解析を進めている。さらに、本研究で得られた塩基変換についての知見をDNAエピゲノム解析に応用することで、新規の長鎖DNAエピゲノム解析法の開発に成功し、投稿論文として発表予定である(Sakamoto et al. in press)。また、direct RNA-seqやcDNA-Seqのデータから転写産物の全長構造同定について検討を行った結果について英語総説を発表した(Seki et al. 2021)。
|
Research Products
(4 results)
