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2019 Fiscal Year Research-status Report

遺伝的多様性とエピジェネティック多様性の相互補償性の検証

Research Project

Project/Area Number 19K16201
Research InstitutionKitasato University

Principal Investigator

勝村 啓史  北里大学, 医学部, 准教授 (10649544)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsエピジェネティクス / メダカ / メチル化DNA / 表現型可塑性
Outline of Annual Research Achievements

本研究では,自然集団における遺伝的多様性の程度とエピジェネティックな多様性の程度を,ゲノム網羅的取得するDNA配列とDNAメチル化の変動領域から求め,それら多様性が相互に関連し合うのか,それとも独立なのかを検証することを目的とする.本年度は,冬と夏で採取した野生メダカ集団を対象に,季節で大きく変動するDNAメチル化領域を検出するため,ハイスループットシークエンサーを用いたメチローム解析を進めた.加えて,2020年度に実施するゲノム多様性解析の準備を進めた.詳細は以下の通りである.
【消化管DNAを用いたMBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定】
香川県において冬と夏(2年間4季節)に採集したメダカを用いて,DNAメチル化が変動するゲノム領域を見つける.6集団(KSH,KEJ,KHT,KAO,KKB,KSM)より4個体ずつで4季節,計96個体を用いて,MBD(Methyl-CpG binding domain protein)-seqを実施するために,メチル化DNAを濃縮したDNAライブラリを作成した.2020年度において,ハイスループットシークエンサーに供し,季節間で大きくメチル化の程度が変化する集団を見つけることを目指す.
【RAD-seqによるゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価】
上記MBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定に用いた6つの集団(KSH,KEJ,KHT,KAO,KKB,KSM)について,RAD-seqによるゲノム多様性解析に用いることができるサンプル(各集団から50個体程度)を把握した.それらをRAD-seqに供するために,新規プライマーの検討と実験デザインについて構築した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

多少の遅れはあるものの,大方当初の研究計画通り進んでいるため.

Strategy for Future Research Activity

シークエンサーにより出力された配列データの解析を進め,季節間で大きくメチル化の程度が変化する集団を検出する.また,ゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価のため,RAD-seqライブラリを作成し,ハイスループットシークエンサーに供する.

Causes of Carryover

理由:本年度は異動後1年目であり,研究環境の整備から始めたため,ライブラリの作成と調整に時間を取られてしまった.そのため,シークエンス解析が年度をまたいでしまったので,次年度への繰越が生じた.
使用計画:ハイスループットシークエンサーの受託解析に使用する.

  • Research Products

    (4 results)

All 2020 2019

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Parallel Evolution of Two dmrt1-Derived Genes, dmy and dm-W, for Vertebrate Sex Determination2020

    • Author(s)
      Ogita Yusaku、Mawaribuchi Shuuji、Nakasako Kei、Tamura Kei、Matsuda Masaru、Katsumura Takafumi、Oota Hiroki、Watanabe Go、Yoneda Shigetaka、Takamatsu Nobuhiko、Ito Michihiko
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 100757~100757

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.100757

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] The fine structural approach to clarify the pathophysiological mechanism of orthopedic diseases by analyzing the spinal excurved Medaka mutant, wavy (wy)2019

    • Author(s)
      Toshiyuki Nishimaki, Kentaro Uchida, Minoru Yamada, Shoji Oda, Atsunori Oga, Hiroki Oota, Takafumi Katsumura, Masashi Takaso, Motoyuki Ogawa
    • Organizer
      The 19th IFAA Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] メダカ集団を用いたヒト新奇性追求行動に関わるゲノム領域の探索2019

    • Author(s)
      勝村啓史,尾田正二,上岡史享,三谷啓志,小川元之,太田博樹,竹内秀明
    • Organizer
      日本進化学会第21回大会
  • [Presentation] 新規側彎症モデルとしてwyメダカの有用性の検討2019

    • Author(s)
      勝村啓史,内田健太郎,山田稔,西槇俊之,尾田正二,小賀厚徳,太田博樹,高相晶士,小川元之
    • Organizer
      第34回日本整形外科学会基礎学術集会

URL: 

Published: 2021-01-27  

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