2020 Fiscal Year Research-status Report
遺伝的多様性とエピジェネティック多様性の相互補償性の検証
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19K16201
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
勝村 啓史 北里大学, 医学部, 准教授 (10649544)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | エピジェネティクス / 表現型可塑性 / メダカ / メチル化DNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，自然集団における遺伝的多様性の程度とエピジェネティックな多様性の程度を，ゲノム網羅的取得するDNA配列とDNAメチル化の変動領域から求め，それら多様性が相互に関連し合うのか，それとも独立なのかを検証することを目的とする．2020年度は，冬と夏で採取した野生メダカ集団を対象にしたメチローム解析を進めるとともに，ゲノム多様性解析を行うためRAD-seqライブラリの作成を行った．詳細は以下の通りである．
【消化管DNAを用いたMBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定】
香川県において冬と夏（2年間4季節）に採集したメダカを用いて，DNAメチル化が変動するゲノム領域を見つけるため，6集団（KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM）より4個体ずつで4季節，計96個体を用いて，MBD（Methyl-CpG binding domain protein）-seqを実施した．2021年度は得られたデータを解析し，季節によるエピジェネティック状態変化の程度を集団間で比較する．
【RAD-seqによるゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価】
上記MBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定に用いた6つの集団（KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM）から各季節ごとに約48個体ずつ抽出し，計1152個体のRAD-seqライブラリを作成した．2021年度はこのライブラリをハイスループットシークエンサーに供し，データ解析を進め，ゲノムレベルでの遺伝的多様性の比較を集団間で実施する．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
大方当初の研究計画通り進んでいるため．
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| Strategy for Future Research Activity |
シークエンサーにより出力された配列データの解析を進め，季節に応じてメチル化の程度が変化する領域を検出し集団間の違いを可視化する．さらに，ゲノムワイドSNPに基づく遺伝的多様性の評価も進める．
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| Causes of Carryover |
理由：前年度のズレを本年度も引きずったため，シークエンス解析に供するところまで年度内に終わらなかった．そのため，次年度への繰越が生じた．
使用計画：ハイスループットシークエンサーの受託解析に使用する．
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[Journal Article] Canagliflozin Suppresses Atrial Remodeling in a Canine Atrial Fibrillation Model2021
Author(s)
Nishinarita R., Niwano S., Niwano H., Nakamura H., Saito D., Sato T., Matsuura G., Arakawa Y., Kobayashi S., Shirakawa Y., Horiguchi A., Ishizue N., Igarashi T., Yoshizawa T., Oikawa J., Hara Y., Katsumura T., Kishihara J., Satoh A., Fukaya H., Sakagami H., Ako J.
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Journal Title
Journal of the American Heart Association
Volume: 10
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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