2021 Fiscal Year Research-status Report
遺伝的多様性とエピジェネティック多様性の相互補償性の検証
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19K16201
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
勝村 啓史 北里大学, 医学部, 准教授 (10649544)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 遺伝的多様性 / メチル化DNA / メダカ / エピジェネティクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，自然集団における遺伝的多様性の程度とエピジェネティックな多様性の程度を，ゲノム網羅的取得するDNA配列とDNAメチル化の変動領域から求め，それら多様性が相互に関連し合うのか，それとも独立なのかを検証することを目的とする．本年度は，2014年と2015年の冬と夏で採取した野生メダカ集団を対象にしたDNAメチル化データの解析を進めた．そして，昨年度作成したゲノム多様性解析を行うためのRAD-seqライブラリをハイスループットシークエンサーに供した．詳細は以下の通りである．
【消化管DNAを用いたMBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定】DNAメチル化が変動するゲノム領域を見つけるために，香川県において冬と夏（2年間4季節）に採集したメダカ（6集団［KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM］より4個体ずつで4季節，計96個体を用いて得られた，MBD（Methyl-CpG binding domain protein）-seqデータ（DNAメチル化データ）を解析している． 本年度はこのデータの解析を進め，季節によるエピジェネティック状態変化の集団間比較を進めた．
【RAD-seqによるゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価】上記MBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定に用いた6つの集団（KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM）から各季節で約50個体ずつ抽出し，計1152個体のRAD-seqデータを取得した．このハイスループットシークエンサーから得られたデータ解析を進め，ゲノムレベルでの遺伝的多様性の季節及び集団間比較に取り組んだ．
【メダカ地域集団のゲノムリシークエンス】DNAメチル化の集団間比較には，メチル化されうるシトシンの位置とそのサイトでのDNA多型情報が重要である．そこで，本年度は「先進ゲノム支援」の支援を受け，81地域のメダカのゲノムリシークエンスを実施し一塩基多型とショートInDelが存在するゲノム上の位置を特定した．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
Covid-19に関連する業務によりデータ解析リソースが割かれてしまったため．
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| Strategy for Future Research Activity |
得られた配列データの解析を進め，集団ごとにDNAメチル化の季節差と遺伝的多様性との関連を統計解析する．
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| Causes of Carryover |
理由：Covid-19によりデータ解析リソースが割かれ，論文化に遅れが出ているため．
使用計画：論文化に向けた追加解析，英文校閲費，論文掲載費に使用する予定である．
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