2021 Fiscal Year Research-status Report
ゲノムワイド解析によるテナガザル自然交雑集団の遺伝的動態の解明
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19K16240
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
松平 一成 京都大学, アジア・アフリカ地域研究研究科, 研究員 (60813441)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | テナガザル / 交雑 / 遺伝子浸透 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
類人猿の中で、現在進行形で交雑が観察されているテナガザルは、ヒトの進化における交雑の様式、影響を考えるうえで、非常に優れたモデルであると考えられる。本研究では、シロテテナガザルとボウシテナガザルの間で行われている交雑が、2種の遺伝的構成にどのような影響を与えているかの解明を目的とした。
全ゲノムデータについて、シロテテナガザルとボウシテナガザルの間における遺伝子浸透の時期と方向、程度の推定を、様々な解析プログラム（G-PhoCS、3s、Admixtools、Treemix、hPSMC、Twisstほか）を用いて行った。用いるプログラムによって、結果はまちまちとなり、遺伝子浸透の詳細について、信頼のおける結果が得られたとは言い難い状況となった。多くの結果は、遺伝子浸透の存在を支持したものの、遺伝子浸透が全く検出されない結果となるものもあった。解析の基となるデータは同じものであるため、解析の仮定の違いなどが影響していると考えられる。
また、先行研究によるシーケンス深度が中程度（x15-x16）のデータを用いた場合には、シーケンス深度が十分（x29-x55）と考えられる自前のデータを用いた場合と比べて、主成分分析や系統解析では、その違いが明確にならないものの、遺伝子浸透の検出においては、結果が大きく異なってしまうことも明らかとなった（深度が中程度だと擬陽性が大きく増加する）。
これらのことから、テナガザルの遺伝子浸透の検出は、非常に繊細であることが示唆された。現在どの解析方法がより信頼のおけるものなのか、検証している。加えて、遅れていた実験を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
試薬の手配、調達に時間がかかったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
試薬が調達できたため、現在実験を進めている。令和4年中に完了させる。
既にあるデータ解析については、プログラムごとに結果がまちまちであることから、解析プログラムとデータの適合について、検証を行い、より適切と考えられるプログラムの選別を行う。
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| Causes of Carryover |
NGSによる実験が遅れたために、次年度使用額が生じた。令和4年度中に研究を完了させるため、当該の実験を実施する。
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