establishment of a novel disease stratification method with response profile data analysis of peripheral blood mononuclear cells

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K16407
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 47060:Clinical pharmacy-related
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: Tadahaya Mizuno 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (90736050)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 疾患層別化 / プロファイルデータ解析 / 末梢血単核球

Outline of Final Research Achievements

In this study, we evaluated usefulness of response profiles of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) for disease stratification. By using an omics data set that analyzed PBMC treated with LPS, the differences derived from age were analyzed. Analysis of response profiles with our previously established method detected a gene group that correlates age and is correspondent with the existing biological knowledge. On the other hand, a gene group derived from just expression data does not correspond to the existing knowledge and the number of its components is less that that of the gene group derived from response profiles.

Free Research Field

プロファイルデータ解析

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

末梢血単核球は低侵襲性に入手可能であり, 患者の状態を記述する重要な情報を包含していると考えられる。一方, 臨床検体は一般に認知されない交絡を多く含み, 疾患に由来する生物学的情報がそれ以外の情報に埋もれてしまうことが多い。刺激に対する応答プロファイルは, 発現プロファイルよりも生物学的差分が強調され, 交絡の多い臨床検体でも頑健な層別化が可能になると期待される。本研究では上記概念の実証の一環として, 公知データを用いて年齢を層別する遺伝子群の検出力を応答プロファイルと発現プロファイルとで比較し, 仮説を支持する結果を得ることに成功した。