2020 Fiscal Year Annual Research Report
新規包括的１細胞解析による腫瘍浸潤T細胞クローン応答の俯瞰図の解明
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19K16620
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
七野 成之 東京理科大学, 研究推進機構生命医科学研究所, 助教 (70822435)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | シングルセルTCR-seq / がん免疫 / T細胞応答 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、数千-数万のT細胞が持つ抗原受容体と、数千の遺伝子発現情報を同時解析する新たな手法の開発を通じ、がん免疫において多様な抗原特異的T細胞の応答を解明することを目的とした。2020年度は、前年度開発したメイトペアシーケンスライブラリ調整に基づくscTCR-seq法に、clone間のcontaminationが生じていることが、TCR transgenic マウス細胞を用いることで明らかとなったため、TAS-SeqがベースとしているBD Rhapsodyのメーカープロトコルを改変することで別scTCR-seq手法を検討した。BDプロトコルはTCR以外のcDNAが増幅されるプロトコルであったが、プライマーの新規設計・サイズセレクション・DNA精製手法の検討により、TCR cDNAのみを効果的に濃縮する(700-800 bpのシングルピーク)ことに成功した。また、Novaseq SP 500 cyclesのシーケンス条件の検討により、TCR全長を同定することに成功した。本新規手法の性能は、pairing efficiencyがCDR3領域の場合88%, full-lengthの場合81.1%と高い値を示し、TCR transgenic細胞を用いた検討により細胞間のcross-contamination率は0.1%以下と十分無視できる程度に低いことが見出された。本手法を用いて解析した担がんマウスモデルの腫瘍局所T細胞データ、およびリンパ節-末梢血のbulk TCR-seqデータとの統合解析により、clonal expansionし、cancer-immune cycleに乗っているT細胞のなかでも、pre-exhaust, exhaust状態にあるT細胞cloneがあることが見出され、それらを規定する遺伝子が見出された。
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[Journal Article] Transient Depletion of CD4+ Cells Induces Remodeling of the TCR Repertoire in Gastrointestinal Cancer.2021
Author(s)
Aoki H, Ueha S, Shichino S, Ogiwara H, Shitara K, Shimomura M, Suzuki T, Nakatsura T, Yamashita M, Kitano S, Kuroda S, Wakabayashi M, Kurachi M, Ito S, Doi T, Matsushima K.
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Journal Title
Cancer Immunol Res
Volume: 0
Pages: 0
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Interleukin-11-expressing fibroblasts have a unique gene signature correlated with poor prognosis of colorectal cancer.2021
Author(s)
Nishina T, Deguchi Y, Ohshima D, Takeda W, Ohtsuka M, Shichino S, Ueha S, Yamazaki S, Kawauchi M, Nakamura E, Nishiyama C, Kojima Y, Adachi-Akahane S, Hasegawa M, Nakayama M, Oshima M, Yagita H, Shibuya K, Mikami T, Inohara N, Matsushima K, Tada N, Nakano H.
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 0
Pages: 0
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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