2020 Fiscal Year Research-status Report
カルバペネム耐性新菌種P. asiensis及び近縁菌種の系統分類と分子疫学解析
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19K16652
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| Research Institution | Juntendo University |
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Principal Investigator |
遠矢 真理 順天堂大学, 医学部, 助教 (20804694)
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2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | Pseudomonas asiatica / Pseudomonas yangonensis / 全ゲノム解析 / 菌種の再同定 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者は昨年度までに、Pseudomonas putidaとして同定された臨床分離株から2菌種 (Pseudomonas asiaticaおよびPseudomonas juntendi) を見出し、それぞれ報告した。
昨年度と同様に、P. putidaとして同定された株の中から新菌種としてPseudomonas oleovoransグループに属するPseudomonas yangonensis sp. nov. を見出し、報告をした。
更に昨年度に申請者が報告した新菌種であるP. asiaticaと同種と判断される菌種 (Pseudomonas shirazica)が、申請者の報告後に新菌種として報告されていたため、P. shiraziicaがP. asiaticaに分類されることをゲノム解析を用いて証明し、報告を行った。この報告と同時に、P. putidaグループに含まれるPseudomonas fuscovaginaeがPseudomonas aspleniiと同一菌種であることも見出したので、P. fuscovaginaeがP. aspleniiに分類されることも報告した。
また、日本の臨床分離株からPseudomonas感染症の特効薬であるカルバペネムに耐性を示すP. putidaグループ菌株 (P. asiaticaおよびPseudomonas monteilii) がVIM型のカルバペネム分解酵素を産生し、blaVIMをプラスミド上にコードしていることを報告した。
NCBIのデータベースに登録されているP. putidaのcomplete genomeは35株あるが、そのゲノムを用いて菌種再同定を行ったところ、すべてP. putidaではなく異なる菌種であった。その中には申請者が提唱したP. asiaticaやP. juntendiも含まれており、P. putidaとして登録されているデータの取り扱いには注意が必要であることを見出し報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年の新菌種報告に加えて、更に新菌種であるPseudomonas yangonensisの提唱に関する論文をまとめ、発表することができた。
また申請者が見出したPseudomonas asiaticaに分類されるべき菌種についても同一性を証明し、論文として発表を行った。更に日本国内でのP. asiaticaのカルバペネム耐性菌としての報告を行い、臨床上においてもカルバペネム耐性菌に関する正確な情報発信の一助となっている。
また、国内分離株については引き続きゲノム解析を行っており、新菌種である可能性が高い菌株を見つけており、P. putidaグループのデータベース作成も順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに集まった臨床分離株を、臨床検査室で用いられているいくつかの自動菌種同定装置で解析を行い、その結果と全ゲノム解析で得られた結果を比較する。更に薬剤感受性試験を行い、重要な耐性遺伝子の保有の有無を調査する。また質量分析解析（MALDI-TOF MS法）で解析を行い、新菌種の分類に有用なタンパク質情報を収集する。
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| Causes of Carryover |
本年度は新型コロナ感染症の影響を受け、自宅での勤務が多くなり、実験関連の消耗品や旅費が当初の計上額よりも下回ることになったため。
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[Presentation] 医療施設で分離されたカルバペネム耐性Pseudomonas putidaグループ菌株の分類と分子疫学解析2020
Author(s)
遠矢 真理, 多田 達哉, 霜島 正浩, 寺本華奈江, 小川美保, 上地幸平, 前田 士郎, San Mya, Htay Htay Tin, 藤田 次郎, 切替 照雄
Organizer
第49回薬剤耐性菌研究会
