2019 Fiscal Year Research-status Report
臨床分離株から検出される家畜由来薬剤耐性遺伝子のモニタリングとその制御
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19K16657
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| Research Institution | Toin University of Yokohama |
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Principal Investigator |
蓮沼 裕也 桐蔭横浜大学, 医用工学部, 助教 (70643013)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 薬剤耐性菌 / AMR / floR / qnr / 地域サーベイランス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、ヒトから臨床分離される菌株において、薬剤耐性遺伝子が家畜由来株から水平伝播、拡散したことを示唆するいくつかのマーカー耐性遺伝子候補として、floRおよびqnr遺伝子の保有菌株において、他の薬剤耐性遺伝子との関係性を明らかにすることとしている。地域の中小規模病院から分離される耐性菌株には一定の割合で、家畜や環境中から水平伝播したことを示唆する遺伝子を保有した株が認められる。家畜や環境中から顕在化する新たな薬剤耐性菌を早期に検出し、制御するためにはヒトの治療に用いられない、または検査において問題とされない抗菌薬に対する耐性遺伝子に着目して、ヒト環境への拡散の程度やそのリスクを早期にモニタリングする必要がある。家畜からヒトへ薬剤耐性菌が拡散したことを示唆する耐性遺伝子マーカーを保有する株を解析することにより、新たな薬剤耐性菌拡散の分子生物学的特徴を明らかにし、その制御方法へと繋げる。
2019年度は、これまでのサーベイランスで神奈川県内から分離されたfloRおよびqnrS2陽性菌株の全ゲノム解析を行い、染色体遺伝子ならびにplasmid遺伝子を決定した。さらに、広域セファロスポリン耐性を示す臨床菌株、健常人由来菌株ならびに食肉由来菌株からfloR遺伝子を検出し、その保有率を調査したところ、食肉由来菌株が最も保有率が高かったものの、ヒト由来株においても一定の割合で保有していたことが明らかとなった。qnr保有率調査については、現在、菌株を収集して保有率を調査している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請時、2019年度に研究計画として予定していた、I. floR 遺伝子保有率と他の耐性遺伝子との関係性を明らかにする、ならびに、II. qnrS2 および floR 陽性株の全塩基配列を決定する
、についてデータ解析まで行っており、近く論文として執筆する予定である。
「I. floR 遺伝子保有率と他の耐性遺伝子との関係性を明らかにする」については、floR陽性菌株17株の全ゲノムシークエンス解析を行い、保有耐性遺伝子や疫学マーカーとの関係性について比較を行っている。
「II. qnrS2 および floR 陽性株の全塩基配列を決定する」については、全ゲノム配列を決定し、今後、公的データベースへの登録ならびに論文投稿を予定している。
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| Strategy for Future Research Activity |
2019年度の解析について、さらに詳細な検討を行っていく予定である。また、研究計画のとおり、2020年度は市中に一定の割合で拡散していると予想されるqnr遺伝子の保有率を明らかにする。現時点で200株のシプロフロキサシン感受性Escherichia coliを臨床検査センター協力のもと、収集しており、そのPCRを用いて遺伝子を検出し、保有率を調査している。さらに、食肉において拡散しているplasmid mediated AmpC型b-lactamase保有株についても調査を行なっており、こちらでも環境中からの遺伝子の水平伝播を疑う株が散見されている。今後は、これらの株について、ショートリードによる次世代シークエンス解析ならびに、菌株を絞って、ロングリードシークエンスによる全ゲノム配列決定を目指していく。
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| Causes of Carryover |
2019年度に予定していた次世代シークエンス解析が、学内機器の修理に伴い、遅れてしまったことが要因である。当該機器の修理は年度内で完了し、すでに解析を進めており、次年度使用額にあたる金額は、本報告書を記入している時点では使用している状況にある。
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