血流感染症関連大腸菌を対象とした新規パンデミッククローンの探索と全ゲノム解析

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K16658
• Research Institution: Kansai University of Health Sciences
• Principal Investigator: 大瀧 博文 関西医療大学, 保健医療学部, 准教授 (00733172)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: Escherichia coli / O抗原 / ST1193

Outline of Annual Research Achievements

2019～2021年度にかけて以下の研究データを得た（昨年度実績より引用）。2021年度はデータ解析をし、国際紙によるデータ公表に向けて作業中である。また、引き続き臨床分離株収集を続け、ST1193の検出状況の推移をモニタリングしている。
（以下、これまでの研究データ）2009年～2018年のに収集された血流感染症関連Escherichia coliの424株のうち，O25 E. coliは112株（26.4%），O75 E. coliは22株（5.2%）存在していた。O25 E. coliは112株を認め，そのうち93株がST131，19株がnon-ST13であった。O75 E. coliは22株のうち，13株がST1193，9株がnon-ST1193であった。
ESBLの遺伝子型においては，O25ではCTX-M27を22株，CTX-M15を16株，CTX-M14を6株，CTX-M28を1株認めた。O75株ではCTX-M14を2株認めた。キノロン耐性因子においては，O25・ST131株でキノロン耐性を示した80株のうち77株が，4箇所の変異を有しており，いずれもgyrAのS83L およびD87N， parCのS80IおよびE84Vであった。O75・ST1193 E. coliにおいてはキノロン耐性を示した13株すべてが3箇所の変異を有しており，いずれもgyrAのS83L， parCのS80IおよびE84Vであった。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初計画では，血流感染症の原因となった大腸菌を対象とし，下記のA～Cの項目を中心とした調査を実施することを，本研究テーマの課題としていた（A．O抗原の遺伝学的手法による解析，B．薬剤感受性試験の解析，C．薬剤耐性因子および病原因子の遺伝学的手法による解析）。
2019年度においては，2009年から2018年までに収集した血流感染症由来の大腸菌（435株）のO抗原型の解析を完了した。また，それらに加え，O25 E. coliおよびO75 E. coliにおけるそれぞれのパンデミッククローンであるST131とST1193の解析を実施し，ESBL産生率およびキノロン系抗菌薬耐性率の調査も完了した。
2020年度においては，上記Cの薬剤耐性因子の遺伝学的手法による解析を実施した。
2021年度においては、2019～2020年度までに得られたデータを解析し、国際誌の投稿準備をするとともに、引き続き菌株収集を継続し、今後の推移を観察するための準備および基礎検討を実施した。

Strategy for Future Research Activity

新たに収集した菌株の調査をするとともに、詳細な遺伝学的検討を引き続き実施していく。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症の影響による学内業務過多によるエフォートの低下、学会参加を含めた研究活動の制限があったために次年度使用額が生じた。これらは遺伝子解析などに要する試薬および測定費用、学会参加費用などに使用する計画である。